"Un inconnu a ouvert le feu près du n°12 rue Bolchaïa Loubianka, il y a des blessés. Son identification est en cours, le criminel a été neutralisé", a indiqué le service de presse du FSB à l'agence d'Etat Tass, ainsi qu'à Ria Novosti.
Le terme "neutralisé" signifie généralement dans le jargon policier russe qu'un assaillant a été tué.
Le président russe Vladimir Poutine a été informé de la situation, selon son porte-parole Dmitri Peskov cité par Tass.
Le FSB n'a pas indiqué si l'incident était terminé.
Des journalistes de l'AFP présent sur les lieux ont entendu un tir encore vers 17H15 GMT (19H15 locale) et les forces de l'ordre ont demandé à la presse et aux badauds de s'éloigner.
Le quartier était bouclé par la police, qui était sur les lieux gyrophares en action. Des sirènes d'ambulances retentissaient aussi.
Des véhicules de police et des ambulances circulaient toutes sirènes hurlantes.
L'incident est intervenu quelques heures après la fin de la grande conférence de presse annuelle de Vladimir Poutine. Selon l'agence RIA Novosti il participait ensuite à une cérémonie en l'honneur des forces de l'ordre.
L'échange de tirs a eu lieu jeudi soir près du quartier général du FSB, le service fédéral de sécurité, un des héritiers du KGB soviétique, en plein centre de Moscou, à une dizaine de minutes à pied de la place Rouge et du Kremlin, siège de la présidence russe.
Vladimir Poutine a dirigé le FSB en 1998-1999 et avait son bureau dans cet immeuble.
Plusieurs vidéos circulant sur les réseaux sociaux montrent des policiers armés courant non loin de l'imposant bâtiment jaune et marron.
Le journal Izvestia, citant une source non identifiée, a fait état de morts au sein des forces de l'ordre.
Un témoin interrogé sur les lieux par l'AFP a dit avoir vu un policier "qui semblait mort".
Dans une vidéo diffusée sur le compte Twitter du site internet d'information lenta.ru, on peut entendre des tirs aux abords de la place de la Loubianka.
Sur une autre vidéo, reprise par plusieurs médias en ligne, et filmée de la fenêtre de ce qui semble être un café, on peut voir des policiers armés, courant courbés, dans la rue.
La police de la route s'est contentée d'un communiqué sur Twitter indiquant que "le trafic (routier) a été interrompu dans le quartier de la Bolchaïa Loubianka", priant les usagers d'emprunter un autre itinéraire.
La Russie a été le théâtre de nombreux attentats dans les années 2000, en lien avec la guerre de Tchétchénie contre les indépendantistes puis la rébellion islamiste qui a ensanglanté le Caucase du Nord.
En 2010, un double attentat suicide avait frappé le métro de Moscou. L'une des explosions avait eu lieu dans la station de métro Loubianka, qui est au pied du siège du FSB.
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