Les manifestants ont brandi des drapeaux tchèques et des banderoles appelant M. Babis à se retirer. Ils ont scandé "honte!" et "démissionner!".
Le ministre de l'Intérieur, Jan Hamacek, cité par l'agence CTK, a estimé à environ 250.000 le nombre de personnes rassemblées au parc Letna, dans le centre de Prague.
La manifestation se tient la veille du trentième anniversaire de la Révolution de velours: des manifestations sans précédent et une grève générale qui ont mis fin à quatre décennies de totalitarisme imposé par l'Union soviétique dans ce qui était alors la Tchécoslovaquie.
Ancien communiste, le populiste Babis est confronté à une série d'accusations de corruption et à une enquête de la Commission européenne sur un conflit d'intérêts possible autour de son holding Agrofert regroupant différentes activités dans ses vastes exploitations agricoles, dans les médias et dans le secteur chimique.
Le chef du gouvernement tchèque rejette les accusations et son parti populiste ANO reste en tête des sondages avec environ 30% de soutien, indépendamment de ces controverses.
M. Babis est aussi identifié comme agent, dans des dossiers secrets de la police des années 1980, ce que le milliardaire a fermement démenti.
- "Démocratie en danger" -
Des habitants d'une maison donnant sur le rassemblement ont déployé samedi une banderole clamant que "la vérité et l'amour doivent prévaloir sur les mensonges et la haine", la devise de l'ancien dramaturge dissident anticommuniste puis président tchèque Vaclav Havel.
Kristyna Kovarova, une étudiante de 20 ans, originaire du village de Malenice, dans le sud du pays, a déclaré à l'AFP qu'elle était "venue se battre pour la démocratie".
"Je pense que la démocratie est en danger parce que de nombreuses personnes tentent de la modifier et imposer leurs propres règles. Ce n'est pas correct", a-t-elle insisté.
"Je n'aime vraiment pas les mensonges de notre Premier ministre", a déclaré de son côté Josef Plandor, venu de Zasova, dans l'est de la République tchèque.
"Son énorme conflit d'intérêts, ses mensonges, ses fraudes, c'est trop. Ce n'est pas un homme honnête", a insisté ce forestier de 43 ans.
D'origine slovaque, le chef du gouvernement, âgé de 65 ans, a été inculpé l'année dernière dans une affaire de fraude présumée aux subventions européennes d'une valeur de deux millions d'euros concernant son complexe hôtelier près de Prague mais le parquet de Prague a abandonné les charges en septembre.
- Grève d'étudiants -
M. Babis, la cinquième fortune tchèque selon Forbes, dirige le mouvement populiste centriste ANO dans un gouvernement de coalition minoritaire avec les sociaux-démocrates, appuyé au parlement par le parti communiste.
ANO a remporté les élections législatives de 2017 en promettant la lutte contre la corruption en République tchèque, pays membre de l'Union européenne et de l'Otan, fort de 10,6 millions de d'habitants.
Le vendredi 17 novembre 1989, la police tchécoslovaque avait dispersé brutalement une marche d'étudiants, ce qui a déclenché leur grève le lendemain, et la création d'un mouvement d'opposition qui a négocié l'abandon du pouvoir par le Parti communiste.
À la fin de décembre 1989, Vaclav Havel, alors chef de l'opposition, a été élu président de la Tchécoslovaquie. Le pays s'est ensuite divisée pacifiquement en République tchèque et en Slovaquie en 1993.
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