Hagibis fonçait droit sur l'immense agglomération de Tokyo et avait déjà provoqué perturbations dans les transports et coupures d'électricité dans le pays.
Il devrait frapper le centre et l'est du Japon samedi en début de soirée, avec des rafales allant jusqu'à 216 km/h, seon l'Agence japonaise de météorologie (JMA).
Avant même qu'il n'atteigne les côtes, ses franges ont fait une victime dans la région de Chiba (banlieue est de Tokyo).
"Un homme de 49 ans a été retrouvé dans une camionnette renversée. Il a été envoyé à l'hôpital où a été constaté son décès", a déclaré à l'AFP Hiroki Yashiro, un porte-parole des pompiers de la commune d'Ichihara, dans la préfecture de Chiba.
Des heures de précipitations intenses ont poussé la JMA à émettre son alerte pluies maximale pour certains quartiers de Tokyo et des alentours, un niveau d'avertissement réservé en prévision de possibles catastrophes.
Hagibis devrait être le premier typhon de niveau "très puissant" à atteindre l'île principale de Honshu depuis 1991, année où la JMA a créé sa propre échelle de catégories d'intensité cyclonique, selon les médias japonais.
Un demi-mètre de pluie prévu à Tokyo
La JMA met en garde contre le risque accru de hautes vagues, d'inondations dû à l'approche de la pleine lune, qui amplifie les marées, et contre les glissements de terrain.
L'agence prévoyait 50 cm de pluie sur l'agglomération de Tokyo en 24 heures jusqu'à dimanche à la mi-journée, et plus encore dans le centre du pays.
En milieu d'après-midi heure japonaise, 3,25 millions de personnes étaient concernées par des consignes d'évacuation (non obligatoires), selon la chaîne de télévision publique NHK.
Plus de 13.500 personnes avaient rejoint des refuges, parmi lesquelles des habitants dont les maisons avaient été endommagées par un précédent typhon le mois dernier, Faxai.
"Je suis parti parce que le toit de ma maison a été emporté par l'autre typhon et la pluie tombait à l'intérieur. Je suis très inquiet pour ma maison", a raconté à la NHK un homme de 93 ans réfugié dans un centre d'hébergement de Tateyama, dans la préfecture de Chiba.
Une maison a été détruite à Chiba et cinq personnes ont été hospitalisées mais aucune d'entre elles n'a subi de blessures graves, ont précisé à l'AFP les pompiers locaux.
Samedi après-midi, deux hommes sont tombé dans un canal en crue à Gotemba, à l'ouest de Tokyo. L'un d'eux a été sauvé et souffre de légères blessures mais les pompiers étaient toujours à la recherche du second.
Les chaînes de télévision montraient en boucle des images de rivières en crue et de vagues gigantesques se brisant sur des digues côtières.
Les constructeurs automobiles Toyota et Honda ont mis à l'arrêt des usines. De nombreux supermarchés et supérettes de la capitale étaient fermés après avoir été assaillis par les résidents, venus faire des réserves comme pour affronter un siège.
Japon-Ecosse toujours en sursis
La tempête a déjà bouleversé l'organisation de deux compétitions sportives organisées au Japon, entraînant le report à dimanche matin des qualifications du Grand Prix de Formule 1 de Suzuka et l'annulation de deux matches du Mondial de rugby qui devaient se tenir samedi: France-Angleterre et Nouvelle-Zélande-Italie.
Elle risquait aussi de compromettre la rencontre entre l'Ecosse et le Japon dimanche, décisive pour l'Ecosse. Les organisateurs devaient prendre leur décision dimanche matin.
Hagibis sème par ailleurs le chaos dans les transports en ce week-end prolongé par un lundi férié, ni avions ni trains, ni métro ne fonctionnant.
Le Japon est frappé par une vingtaine de typhons chaque année. Avant Hagibis, Faxai avait tué au moins deux personnes début septembre et provoqué d'importants dégâts à Chiba.
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