Accompagné de rafales de vent pouvant atteindre 216 km/h, le typhon Faxai a touché terre à Chiba, au sud-est de la capitale, après avoir franchi la baie de Tokyo.
Les autorités ont émis des consignes d'évacuation, non obligatoires, pour plus de 390.000 personnes, les services météo prévoyant que le vent et la pluie pourraient atteindre des niveaux record.
Environ 290.000 foyers ont été privés l'électricité dans la région, et au moins une dizaine de maisons ont été endommagées à Shizuoka, près de Tokyo, avec des fenêtres soufflées et des voitures retournées, selon des médias locaux.
"Soyez en état d'alerte face aux risques de rafales et de fortes vagues. Soyez vigilants quant aux glissements de terrain, inondations et rivières en crue", a déclaré l'Agence météorologique dans un communiqué.
Des images de télévision ont montré l'immense toit d'une station service s'effondrant à Tateyama, au sud de Tokyo.
La compagnie de transport ferroviaire Central Japan Railway Company a annoncé l'annulation d'une centaine de trains à grande vitesse reliant Tokyo aux villes du centre et de l'ouest du Japon. Des ferries opérant dans la baie de Tokyo avaient également été supprimés.
East Japan Railway, le plus grand opérateur ferroviaire de la capitale, a décidé de suspendre lundi matin jusqu'à environ 8 heures toutes les lignes de la zone métropolitaine de Tokyo.
"Nous devons inspecter les voies et vérifier d'éventuels dommages car le typhon frappera la région dans la nuit", a déclaré un porte-parole de la compagnie à l'AFP.
Vols annulés, routes fermées
Les compagnies aériennes ont annulé 171 vols et certaines autoroutes côtières ont été fermées à l'ouest de la capitale, à Kanagawa.
Il n'y a pas été fait état lundi matin de blessures graves ou de dommages importants, mais huit surfeurs ont été secourus au large de Shizuoka, au sud-ouest de Tokyo, après avoir été emportés vers le large, ont indiqué les autorités locales.
"Deux hélicoptères ont été dépêchés sur place pendant que des sauveteurs spécialisés étaient envoyés en mer", a déclaré à l'AFP un porte-parole des pompiers.
Deux surfeurs ont été hospitalisés mais leurs jours ne sont pas en danger, a-t-il précisé.
L'arrivée de Faxai sur Tokyo coïncide avec celle, prévue, des équipes devant participer à la Coupe du monde de rugby, qui démarre le 20 septembre.
L'équipe de France a atterri et a pu rejoindre son camp d'entraînement près du Mont Fuji juste avant l'arrivée du typhon.
Le typhon Faxai, qui se déplace vers le nord à la vitesse de 25 km/h, devrait traverser le nord-est du Japon avant de reprendre sa route dans le Pacifique.
Le Japon est habitué aux typhons et aux tempêtes tropicales durant la fin de l'été et l'automne.
A la mi-août, le puissant cyclone tropical Krosa a frappé l'ouest du pays, avec des vents violents et des pluies torrentielles qui ont fait un mort.
Fin août, de violentes inondations ont fait trois morts dans le sud-ouest du pays.
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