M. Atambaïev, qui dénonce les accusations "absurdes" portées contre lui, a été placé en détention jusqu'au 26 août, dans l'attente de son procès, a indiqué à l'AFP un porte-parole du tribunal Pervomaïski de la capitale, Bichkek.
L'ancien chef de l'Etat s'est rendu jeudi soir aux forces de l'ordre, qui assiégeaient depuis deux jours sa résidence dans le village de Koï-Tach, près de Bichkek, où s'étaient rassemblés jusqu'à un millier de ses partisans.
Un premier raid des forces spéciales avait tourné à la bataille rangée et fait un mort et des dizaines de blessés mercredi.
Une vidéo très partagée sur les réseaux sociaux montre M. Atambaïev négocier les conditions de sa capitulation avec un responsable du ministère de l'Intérieur. Il exige notamment que la police ne touche pas à ses partisans, rassemblés dans sa résidence.
Après l'annonce de son arrestation, plusieurs centaines de manifestants se sont réunis près du palais présidentiel, théâtre des révolutions de 2005 et 2010, avant d'être dispersés par la police, qui a annoncé avoir interpellé 40 personnes.
Almazbek Atambaïev, 62 ans, président de 2011 à 2017, a été inculpé fin juin pour corruption par la justice et son immunité en tant qu'ancien président a été levée par les députés.
L'ancien chef de l'Etat est soupçonné d'"acquisition illégale de terres" et d'avoir fait libérer un membre d'un clan mafieux, accusations qu'il dénonce comme une manoeuvre politique du nouveau président, son rival Sooronbaï Jeenbekov.
A la fin de son mandat, Almazbek Atambaïev avait réussi au prix de manoeuvres politiques à imposer la candidature de Sooronbaï Jeenbekov, qui était alors son poulain, mais les relations se sont rapidement dégradées entre les deux hommes.
Leur conflit personnel fait désormais craindre de graves troubles dans cette ex-république soviétique d'Asie centrale en proie à de fréquentes tensions ethniques.
La crise est également suivie de près par la Russie, pays allié du Kirghizstan où vivent et travaillent des centaines de milliers de Kirghizes et qui y dispose d'une base militaire.
Le président russe Vladimir Poutine avait rencontré en juillet à la fois Almazbek Atambaïev et Sooronbaï Jeenbekov dans l'espoir de désamorcer la confrontation.
Arrivé au Kirghizstan jeudi pour un sommet régional, le Premier ministre russe Dmitri Medvedev a appelé à l'apaisement, estimant que ce pays pauvre d'Asie centrale avait "déjà épuisé son quota de révolutions".
"Nous essayons toujours de fournir, si possible, une aide et une assistance au Kirghizstan. Je n'ai aucun doute que cela se poursuivra de la même manière", a-t-il déclaré lors d'une rencontre avec M. Jeenbekov, appelant à règler la crise dans le "strict respect de la loi et de la Constitution".
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