Des discussions doivent encore avoir lieu dans les prochains jours sur les autres points en litige d'un accord trouvé le 5 juillet entre les deux parties, selon la contestation.
La "déclaration politique" a été paraphée par les deux camps après une nuit de discussions intenses.
A l'issue de la rencontre dans un hôtel de luxe de Khartoum, le numéro 2 du Conseil militaire au pouvoir, Mohamed Hamdan Daglo dit "Hemeidti", aussi commandant des redoutées Forces de soutien rapide (RSF), a salué un moment "historique".
"Aujourd'hui, nous nous sommes accordés sur la déclaration politique", a déclaré à l'AFP Ibrahim al-Amin, un des meneurs de la contestation. "Pour le document constitutionnel, nous reprendrons les négociations vendredi", a-t-il poursuivi.
Cet accord constitue un premier pas vers un gouvernement civil, réclamé par les Soudanais depuis près de sept mois.
Il prévoit la création d'un "conseil souverain", instance de transition chargée de gérer la transition pendant un peu plus de trois ans.
Ce conseil, qui repose sur le principe du partage des pouvoirs, sera composé de cinq militaires et six civils, dont cinq issus de l'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), fer de lance de la contestation.
Les militaires présideront cette instance pendant les premiers 21 mois de la transition, les civils prendront ensuite la relève pour les 18 mois restants.
Les pourparlers entre les deux camps avaient été repoussés à plusieurs reprises ces derniers jours, butant notamment sur la question de l'immunité des militaires.
Selon la protestation, les militaires, qui pourraient faire l'objet de poursuites après les violences survenues pendant les manifestations, réclamaient l'"immunité absolue".
"Nous refusons l'immunité absolue que les militaires au pouvoir ont demandée", avait déclaré aux journalistes Ismaïl al-Taj, porte-parole de l'Association des professionnels soudanais (SPA), qui fait partie de la contestation, juste avant le début de la rencontre.
Ce point devrait être discuté lors des prochaines discussions.
Le Soudan est secoué par un mouvement de protestation lancé à travers tout le pays depuis le 19 décembre 2018, après la décision du gouvernement de tripler le prix du pain.
La tension entre militaires et protestataires était montée d'un cran après la brutale dispersion le 3 juin du campement de plusieurs milliers de manifestants installés depuis avril devant le siège de l'armée à Khartoum. Cette opération a fait des dizaines de morts, des centaines de blessés et a provoqué un tollé international.
Après des mois de tractations, l'ébauche d'un accord avait été trouvé le 5 juillet, grâce à une intense médiation de l'Union africaine (UA) et de l'Ethiopie.
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