Joko Widodo, surnommé "Jokowi" a obtenu 55,5% des voix, contre 44,50% pour l'ex-général Prabowo Subianto, selon le décompte final de la commission électorale.
Le président sortant, qui avait gagné sa première élection en 2014 avec 53,15% des voix remporte ce scrutin avec une avance plus nette et obtient 85,6 millions de voix, contre 68,6 millions pour son adversaire.
"Cette décision a été annoncée le 21 mai (...) et sera effective immédiatement", a déclaré le chef de la commission Arief Budiman au cours d'une conférence diffusée très tôt mardi matin en direct par les médias locaux.
La publication officielle des résultats était initialement attendue mercredi. Mais la commission a finalement annoncé les résultats en pleine nuit, alors que les autorités ont renforcé la sécurité dans la capitale par crainte de manifestations de l'opposition.
Quelque 32.000 membres des forces de l'ordre ont été déployés dans Jakarta en prévision de l'annonce des résultats et le bâtiment de la commission électorale a été barricadé et protégé par des rouleaux de fils de fer barbelés pour empêcher toute intrusion.
Depuis le scrutin du 17 avril auquel plus de 190 millions d'Indonésiens étaient appelés à voter, le candidat d'opposition Prabowo Subianto conteste le décompte partiel des voix qui donnait une avance au président sortant et il a déclaré avoir remporté l'élection en citant des sondages alternatifs.
Il a dénoncé des fraudes au cours de l'élection et a appelé ses partisans à manifester.
Les candidats ont maintenant trois jours pour contester éventuellement les résultats devant la cour constitutionnelle, sinon les résultats seront officialisés le 24 mai.
Risque de manifestations
Le candidat battu n'a pas indiqué immédiatement s'il allait contester officiellement les résultats mais Azis Subekti, un représentant du camp Prabowo Subianto, a refusé de signer les documents présentés par la commission.
Cité par le média en ligne detik.com, il a expliqué "ne pas vouloir se rendre et continuer à se battre contre l'injustice, la fraude et les abus" et "tous les mensonges qui abîment notre démocratie".
Les autorités appellent depuis plusieurs jours les partisans de Prabowo Subianto à ne pas descendre dans la rue, mettant notamment en avant un risque d'attentats terroristes.
La police indonésienne a indiqué vendredi avoir procédé à des dizaines d'arrestations d'individus suspectés de liens avec l'organisation jihadiste Etat islamique (EI), dont certains préparaient des attentats en vue de l'annonce des résultats des élections.
Devant le risque de fracture du pays, plusieurs partis, dont certains de l'opposition, ont appelé les Indonésiens à reconnaître les résultats de l'élection, ainsi que les influentes organisations musulmanes Nahdlatul Ulama et Muhammadiyah qui comptent des dizaines de millions de membres.
Joko Widodo, 57 ans, vu comme un musulman modéré dans un pays où l'islam conservateur progresse, avait choisi comme candidat à la vice-présidence le prédicateur conservateur Ma'ruf Amin afin de donner des gages à l'électorat religieux.
Son rival de 67 ans s'était de son côté rapproché des groupes islamiques les plus radicaux en vue du scrutin.
L'ancien général Prabowo Subianto, qui se présente comme un homme à poigne, avait choisi comme colistier Sandiaga Uni, un ex-homme d'affaire.
L'ex-militaire de 67 ans qui tente depuis une quinzaine d'année de parvenir au pouvoir, avait déjà perdu devant Joko Widodo en 2014 et avait déposé un recours en justice avant de s'incliner.
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