Le scrutin oppose le président sortant Joko Widodo, vu comme un musulman modéré dans un pays où l'islam conservateur progresse, à l'ex-général Prabowo Subianto qui veut diriger le pays avec une plus grande poigne.
Les premiers bureaux de vote ont ouvert dans la province de Papouasie, dans l'est du pays peu après 07H00 locales (22H00 GMT mardi) puis dans le reste du pays, ont constaté les journalistes de l'AFP. Plus de 190 millions d'Indonésiens sont appelés aux urnes jusqu'à 13H00 locales (06H00 GMT).
Avec un nombre record de 245.000 candidats en lice pour la présidence, les parlements nationaux et locaux, l'Indonésie organise l'élection la plus importante de son histoire et la plus complexe.
"Je suis très heureuse parce que je peux toujours voter à mon âge avancé. Mais c'est très compliqué parce qu'il y a beaucoup de bulletins de vote", a remarqué Suparni, une femme de 79 ans à Merauke en Papouasie, qui comme de nombreux Indonésiens ne porte qu'un nom.
- Sécurité renforcée -
La sécurité a été renforcée dans cette province montagneuse en raison d'un mouvement indépendantiste et au total deux millions de soldats et de policiers surveillent les opérations de vote.
A Bali, un électeur de 65 ans, I Gusti Ketut Sudarsa, se montrait enthousiaste après avoir voté: "Ca n'arrive qu'une fois tous les cinq ans, donc nous devons faire usage de notre droit de vote". "Cela va déterminer la direction de notre nation", souligne-t-il.
Les derniers sondages avant le scrutin donnaient l'avantage à Joko Widodo, le président sortant de 57 ans avec une dizaine de points de pourcentage d'avance face à son adversaire, l'ex-général Prabowo Subianto, âgé de 67 ans.
L'opposition, qui a fait une campagne empreinte de nationalisme, a prévenu qu'elle pourrait contester les résultats en cas de fraude et a évoqué des manifestations.
Le candidat d'opposition s'est déclaré "très confiant" après avoir voté à Bogor, au sud de la capitale.
En 2014, le président surnommé "Jokowi" avait remporté l'élection de justesse devant le même adversaire, qui avait contesté les résultats en justice avant de s'incliner.
- Défi logistique -
Dans les plus de 800.000 bureaux de vote déployés sur l'archipel, les électeurs doivent percer des trous dans les bulletins pour choisir leurs candidats puis tremper leur doigt dans de l'encre certifiée halal, une mesure destinée à empêcher les votes multiples.
Cette élection est un défi logistique dans un archipel de 17.000 îles entre l'océan Indien et le Pacifique qui s'étend sur 4.800 kilomètres de l'extrémité ouest de l'île de Sumatra, en passant par Java ou Bali, jusqu'à la Papouasie, sa province la plus orientale.
Le matériel électoral a été acheminé par avion, bateau, moto, porteur ou bête de somme dans les zones les plus difficiles à atteindre.
De premières estimations publiées dans la journée devraient donner une indication sur le vainqueur de la présidentielle, alors que les résultats officiels ne seront publiés qu'en mai.
La campagne a été marquée par des attaques virulentes des deux camps qui ont multiplié les efforts pour séduire l'électorat musulman conservateur tandis que la multiplication des infox sur les réseaux sociaux pourrait aussi avoir eu un impact sur les électeurs.
Joko Widodo a fait campagne sur son bilan de construction d'infrastructures, dont la première ligne de métro de Jakarta ouverte opportunément en mars.
Mais pour les ONG, son action sur les droits de l'Homme n'a pas été à la hauteur des attentes suscitées par celui qui était décrit comme l'"Obama indonésien" au moment de son arrivée Au pouvoir pour ses origines modestes et une certaine ressemblance physique.
Le président Jokowi a choisi le prédicateur islamiste conservateur Ma'ruf Amin pour être son candidat à la vice-présidence. Une stratégie destinée à donner des gages à l'électorat musulman conservateur, mais qui inquiète les plus progressistes.
L'ancien général Prabowo Subianto s'est de son côté rapproché des groupes islamiques les plus radicaux et a promu une hausse des dépenses de défense et de sécurité. Sur le plan économique il vante une politique protectionniste "Indonesia first" inspirée de Donald Trump et a promis de remettre en cause des milliards de dollars d'investissements chinois dans le pays.
Le candidat qui se présente comme un homme à poigne est desservi par ses liens avec le régime du dictateur Suharto, dont il a été le beau-fils, et par son passé militaire controversé.
Il a ordonné l'enlèvement d'activistes pro-démocratie à la chute du régime de Suharto en 1998 et a été accusé de graves abus pendant le conflit au Timor oriental.
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