Mme Caputova, une militante anti-corruption de 45 ans, a obtenu 58,40% des voix, selon les résultats portant sur 100% des bureaux de vote, face à son rival Maros Sefcovic, commissaire européen soutenu par le parti au pouvoir Smer-SD.
Ce résultat pourrait, selon les analystes, représenter un avertissement au Smer-SD avant les élections européennes en mai et les législatives l'an prochain.
Immédiatement après la publication des premiers résultats, le Premier ministre Peter Pellegrini a espéré "une coopération constructive" avec la nouvelle cheffe de l'Etat, qui a de son côté appelé les Slovaques à s'unir.
"Cherchons ce qui nous unit, plaçons la coopération au-dessus des intérêts personnels", a-t-elle dit à la presse.
Son résultat, a-t-elle estimé, montre "qu'il est possible de ne pas céder au populisme" et de "gagner la confiance des gens sans recourir à un vocabulaire agressif et aux attaques personnelles".
"Les Slovaques ont choisi le changement. Ils ont voté pour un style de politique différent de ce que nous avons connu jusqu'à présent", a commenté Aneta Vilagi, une analyste de Bratislava interrogée par l'AFP.
"Je suis heureuse que la Slovaquie ait élu une femme à la présidence. Les femmes sont sous-représentées aux postes les plus élevés, cela pourrait commencer à changer maintenant", a déclaré Iveta Rabelyova, une enseignante de 34 ans.
"Caputova défie l'image typique d'un politicien: c'est une femme, elle est divorcée, elle est novice en politique. C'est avec un sentiment positif que je vois nos citoyens choisir quelqu'un qui détruit tous les stéréotypes", a-t-elle ajouté.
"La société change"
Pour Mme Vilagi, "le fait que les Slovaques aient élu une femme à la présidence signifie que la société change". Elle estime que la personnalité et le parcours de Mme Caputova ont joué fortement en sa faveur.
"Je dirais donc qu'elle a gagné en dépit de son sexe", a-t-elle estimé.
Pour l'analyste Pavol Babos, "la demande de changement concerne la manière d'exercer le pouvoir représentée par la coalition au pouvoir".
Le président slovaque ne gouverne pas, mais il ratifie les traités internationaux et nomme les plus hauts magistrats. Il est aussi le commandant en chef des forces armées et dispose d'un droit de veto.
Le gouvernement de Smer-SD a été mis à mal par l'assassinat du journaliste d'investigation Jan Kuciak et de sa fiancée l'an dernier.
Le journaliste s'apprêtait à publier un article sur les liens présumés entre des hommes politiques slovaques et la mafia italienne.
L'indignation populaire et des manifestations de rue, d'une ampleur inédite, qui ont suivi l'assassinat ont entraîné la démission du Premier ministre Robert Fico, qui reste cependant chef de Smer-SD et allié du Premier ministre actuel.
Jusqu'à présent, cinq personnes ont été interpellées, dont le commanditaire présumé du meurtre - un multimillionnaire qui entretiendrait des liens avec Smer-SD.
Mme Caputova, qui avait participé à l'époque à ces manifestations, s'est engagée lors de la campagne électorale à lutter pour une justice plus efficace et indépendante.
Les promesses électorales de la candidate, divorcée et mère de deux enfants, incluaient également la protection de l'environnement, le soutien aux personnes âgées et une réforme de la justice qui priverait "les procureurs et la police de toute influence politique".
Accès à l'avortement
Dans un pays à majorité catholique, Mme Caputova n'a pas hésité à se prononcer ouvertement en faveur de l'accès libre à l'avortement et de droits élargis pour les couples homosexuels, estimant qu'un enfant vivra "mieux avec deux êtres amoureux de même sexe" que dans un orphelinat.
Son rival mettait en avant quant à lui "les valeurs traditionnelles de la famille" et s'adressait à des électeurs voulant "que la Slovaquie reste un pays chrétien".
Selon les résultats publiés par l'Office de statistiques, les prises de position de Mme Caputova lui ont permis de l'emporter aussi bien dans les villes que dans les campagnes plus conservatrices.
Les analystes pointent cependant une faible participation de 41,79%.
"Une faible participation signifie que l'électorat anti-système et extrémiste n'a pas pu choisir un président qui représenterait ses valeurs", a déclaré à l'AFP l'analyste Grigorij Meseznikov.
La nouvelle présidente qui remplacera à son poste Andrej Kiska prêtera serment le 15 juin.
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