Au cours de cette visite surprise, M. Shanahan aura des entretiens avec le président afghan Ashraf Ghani ainsi qu'avec le commandant en chef des forces américaines stationnées en Afghanistan, le général Scott Miller.
Il souhaite rassurer le gouvernement afghan sur les négociations de paix en cours avec les talibans, que Washington mène depuis l'été directement avec les insurgés.
"Il est important que le gouvernement afghan soit impliqué dans des discussions qui concernent l'Afghanistan", a indiqué M. Shanahan dans l'avion l'acheminant de Washington à Kaboul.
"Les Etats-Unis ont investi de façon importante, très importante, dans la sécurité (de l'Afghanistan) mais ce sont les Afghans qui doivent décider de leur avenir", a-t-il précisé aux journalistes l'accompagnant.
Les talibans refusent de négocier avec le gouvernement du président Ashraf Ghani, que les rebelles ont toujours snobé en le taxant de "marionnette" des Américains.
Donald Trump a promis durant sa campagne de mettre fin à ce conflit qui a tué des milliers de civils afghans et 2.400 soldats américains, ou en tout cas de retirer ses troupes. Une intention réitérée mardi dernier lors de son discours annuel sur l'état de l'Union devant le Congrès américain.
En décembre, des responsables américains avaient même fait savoir que le locataire de la Maison Blanche avait déjà décidé de rapatrier la moitié des 14.000 soldats américains déployés en Afghanistan.
"Pas d'instructions"
Mais M. Shanahan, un ancien dirigeant de Boeing devenu numéro deux du Pentagone en 2017 avant de succéder le 1er janvier à l'ex-général des Marines Jim Mattis, a assuré qu'une réduction imminente des forces américaines en Afghanistan n'était pas prévue.
"Je n'ai pas reçu pour instruction de réduire nos effectifs en Afghanistan", a-t-il affirmé.
"La présence telle que nous la souhaitons en Afghanistan doit assurer la défense de notre territoire et soutenir la stabilité régionale", a-t-il ajouté. Toute discussion sur la taille des effectifs "se tient de façon coordonnée et disciplinée".
M. Mattis avait démissionné avec fracas pour protester contre l'annonce surprise et unilatérale des Etats-Unis de se retirer de Syrie, où ils étaient engagés depuis 2014 contre le groupe jihadiste Etat islamique (EI) à la tête d'une coalition internationale.
Outre sa rencontre avec le président afghan, M. Shanahan a prévu de se rendre sur la base de Morehead, près de Kaboul, où les soldats américains forment leurs homologues afghans.
M. Shanahan a affirmé son soutien à l'émissaire américain pour la paix en Afghanistan, Zalmay Khalilzad, qui mène les négociations avec les talibans. Mais il a indiqué vouloir aussi recueillir l'avis du général Miller sur ces négociations, auxquelles assiste toujours un représentant du Pentagone.
"Quand on réfléchit à notre présence là-bas, il y a beaucoup de risques, mais il y a aussi beaucoup d'opportunités", a-t-il indiqué. "Une partie de l'objectif de ma visite est de m'asseoir avec le général Miller et son équipe (...) pour qu'il me dise ce qui est important pour lui, ce qui reste à régler".
Zalmay Khalilzad s'est de son côté envolé dimanche pour une nouvelle longue tournée en Belgique, Allemagne, Turquie, Qatar, Afghanistan et Pakistan, a annoncé le département d'Etat américain.
Les pourparlers inédits entre Washington et les talibans devraient quant à eux reprendre le 25 février, selon ces derniers.
La dernière rencontre de six jours menée en janvier à Doha, où les talibans disposent d'un bureau politique, avait selon les deux parties conduit à "des progrès".
M. Khalilzad avait ensuite souligné qu'une "ébauche" d'accord avait été trouvée mais que "beaucoup de travail" restait à accomplir pour parvenir à la paix. Il avait également démenti l'existence d'un calendrier de retrait des troupes, sans cependant exclure clairement une possible réduction des effectifs sans attendre un accord de paix définitif.
"Mon objectif n'est pas de chercher un accord de retrait mais un accord de paix". "Un accord de paix peut permettre le retrait", a-t-il souligné vendredi lors d'une conférence à Washington.
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