Le Français, qui décroche ainsi son onzième succès en quatre participations, devance l'Espagnol Nani Roma (Mini) et le Néerlandais Bernhard ten Brinke (Toyota), 3e à 1 min 20 sec.
Quatrième à 1 min 31, le Sud-Africain de Villiers (Toyota) dépossède le Qatari Nasser al-Attiyah (Toyota), 11e de l'étape à plus de 7 minutes, du leadership au général.
"La stratégie d'hier était bonne puisqu'on s'est retrouvés dans une bonne position aujourd'hui. On était peut-être un peu loin mais on fait une bonne spéciale. On ne fait pas de grosses erreurs, ni d'erreurs dans la navigation", a confié Loeb.
"Il fallait que je retrouve des sensations, je n'avais fait qu'une centaine de kilomètres d'essais depuis le dernier Dakar. Il fallait se remettre dedans. Aujourd'hui, les sensations étaient plutôt bonnes."
Après une performance moyenne lors de la première étape, Loeb a montré à tous ses concurrents qu'il allait falloir compter avec lui.
L'Alsacien a mené les débats, prenant la tête autour du kilomètre 150 et grimpe à la 5e place au général.
L'addition est en revanche un peu salée pour Stéphane Peterhansel (Mini), bloqué pendant 20 minutes au 109e km et qui a dû faire le forcing pour terminer avec "seulement" 15 minutes 9 secondes de retard sur son ancien coéquipier.
L'Argentin Orlando Terranova (Mini), lui, a abandonné en raison de fortes douleurs lombaires.
Chez les motos, le tenant du titre, l'Autrichien Matthias Walkner (KTM), a coiffé l'Américain Ricky Brabec (Honda) pour 22 secondes.
L'Espagnol Joan Barreda (Honda), 3e du jour, conserve la tête du classement général.
Mercredi, le Dakar affronte des nouvelles dunes, celle d'Acari, pour une troisième étape entre San Juan de Marcona et Arequipa, longue de 798 km, dont 331 de secteur sélectif.
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