Les appareils appartenant au corps des Marines, un chasseur F/A-18 avec deux personnes à bord et un avion de ravitaillement KC-130 avec cinq occupants, se sont percutés lors d'une opération de ravitaillement en vol, selon l'armée américaine.
L'accident s'est produit à 02H00 locales (mercredi 17H00 GMT) lors "d'un entraînement régulier programmé", a indiqué le corps des Marines. Une enquête est en cours pour en déterminer les circonstances, qui n'étaient pas connues à ce stade.
Les autorités japonaises et l'armée américaine avaient dans un premier temps annoncé que deux Marines, sur les sept occupants des deux appareils, avaient pu être secourus, mais l'un d'entre eux est mort.
"L'un (des deux) est en bonne condition et l'autre a été déclaré mort par le personnel médical compétent", a déclaré jeudi soir le corps des Marines.
"L'armée américaine et les avions des Forces d'autodéfense japonaises mènent des recherches (pour retrouver) ceux qui sont toujours portés disparus .. J'espère que tous les membres (des équipages) seront secourus dès que possible", a déclaré le ministre japonais de la Défense Takeshi Iwaya.
Les recherches se poursuivront toute la nuit, a indique l'agence japonaise Kyodo.
Le militaire qui a pu être sauvé se trouvait à bord du chasseur.
L'accident s'est produit à quelque 100 kilomètres au large du cap Muroto, situé sur l'île de Shikoku (sud-ouest), a affirmé Takeshi Iwaya.
La chaîne publique NHK a envoyé un hélicoptère sur les lieux mais elle n'a pu localiser l'endroit exact de l'accident en raison d'un épais brouillard et de la pluie.
Nombreux incidents
Les Forces d'autodéfense japonaises ont mobilisé neuf avions et trois navires, tandis que les garde-côtes dépêchaient parallèlement six bateaux et un avion pour participer aux efforts de sauvetage.
L'ambassadeur des Etats-Unis, Bill Hagerty, a adressé ses "sincères pensées et prières aux familles et collègues des soldats disparus", tout en remerciant le Japon de son aide.
L'armée américaine compte près de 50.000 soldats stationnés au Japon, dont environ la moitié dans l'archipel méridional d'Okinawa, et les accidents ne sont pas rares.
Fin novembre, un appareil de transport militaire C-2A "Greyhound" avec 11 personnes à bord s'était abîmé en mer des Philippines, à quelque 930 kilomètres au sud-ouest d'Okinawa.
Huit marins avaient été sauvés peu après l'accident. Les recherches pour retrouver les trois autres avaient été abandonnées après deux jours de mobilisation.
L'armée américaine connaît aussi des déboires avec sa flotte d'Osprey, avions hybrides à décollage horizontal ou vertical, avec au cours des derniers mois plusieurs atterrissages d'urgence et un crash mortel. Ces incidents alimentent les tensions entre les deux alliés que sont Washington et Tokyo et suscitent la colère des riverains des bases américaines.
Le ministre japonais de la Défense a déploré jeudi un accident "regrettable" et promis de "prendre les mesures appropriées" une fois les détails connus.
Yoshihiko Fukuda, maire de la ville d'Iwakuni où étaient basés les deux avions, a pour sa part réclamé un arrêt temporaire des opérations militaires.
"Je demande au gouvernement et à l'armée américaine de prendre des mesures rigoureuses pour trouver la cause de l'accident et éviter que cela ne se répète", a insisté l'élu.
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