Plus de 500.000 électeurs sont attendus aux urnes au péril de leur vie dans la province de Kandahar, la plus grande du pays et berceau des talibans.
Le vote à Kandahar avait été repoussé d'une semaine après l'assassinat le 18 octobre du controversé mais respecté chef provincial de la police, le général Abdul Raziq, homme fort anti-taliban considéré comme un rempart contre l'insurrection dans le sud.
Le chef des services secrets de la province et un journaliste de la télévision afghane avaient également été tués par un taliban "infiltré", engagé comme garde du corps du gouverneur de la province. Treize personnes avaient été blessées, dont un général de brigade américain.
Le général Scott Miller, commandant en chef de l'armée américaine et de l'Otan en Afghanistan, présent au moment de l'attaque, s'en était sorti indemne.
La sécurité a été renforcée pour le vote, la trafic routier a été suspendu dans la ville, a constaté un correspondant de l'AFP. "Nous voulons voter et le ferons même au risque de notre vie", a assuré auprès de l'AFP Samiullah, un électeur de la ville de Kandahar.
Mais de longues files d'électeurs se sont formées dès 07h00 heure locale (02h30 GMT), les bureaux de vote ayant ouvert avec deux heures de retard.
Les dysfonctionnements enregistrés le week-end dernier semblaient se répéter malgré les vives critiques émises contre la Commission électorale indépendante (CEI), qui organise le scrutin.
L'absence d'assesseurs, de liste électorale, de terminaux biométriques (imposés à la dernière minute) ou de personnel sachant les manipuler avait entraîné de longues files d'attente dans tout le pays et reporté le vote d'une journée dans plus de 250 bureaux.
"Nous sommes parfaitement prêts" pour samedi, avait pourtant assuré le porte-parole adjoint de la CEI, Kobra Rezaei.
A l'issue de ce vote, la CEI publiera les chiffres définitifs sur la participation nationale. Selon elle, près de quatre millions de personnes ont voté le week-end dernier en dépit de nombreuses attaques perpétrées contre les électeurs.
Environ 300 personnes avaient été tuées ou blessées samedi dernier en marge du vote, selon un comptage de l'AFP. Un bilan quatre fois plus élevé que celui communiqué par les autorités afghanes, qui sont soupçonnées d'avoir délibérément sous-estimé les violences pour ne pas effrayer les électeurs.
Les talibans et le groupe Etat islamique avaient de longue date promis des attentats le jour du vote.
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