Une conférence de presse commune est attendue à la mi-journée.
Dans une tribune publiée jeudi en Allemagne, M. Erdogan a assuré que sa visite devait ouvrir "une nouvelle page" des relations après deux années de tensions, Ankara reprochant à Berlin la timidité de son soutien après le putsch raté de 2016 et l'Allemagne critiquant la dérive répressive de la Turquie.
Le président turc dit garder d'ailleurs "des attentes très concrètes" vis-à-vis de Berlin, à savoir une participation à sa lutte acharnée contre les partisans du prédicateur Fethullah Gülen, accusé d'avoir fomenté le coup d'Etat manqué, ce à quoi les autorités allemandes se sont refusées jusqu'ici.
Les deux dirigeants se retrouvent aussi au lendemain de l'attribution de l'Euro-2024 à l'Allemagne aux dépens de la Turquie, une bataille dans laquelle M. Erdogan s'était engagé notamment en soutenant bruyamment le joueur allemand d'origine turc, Mesut Özil, qui accusait la fédération allemande de racisme.
Merkel appelée à la fermeté
Côté allemand, les appels à ce qu'Angela Merkel reste ferme se sont multipliés ces dernières semaines, en particulier car cinq allemands restent détenus pour des "raisons politiques" en Turquie.
"Erdogan doit entendre Berlin remettre en cause sa politique, une politique qui limite les libertés, viole les droits de l'homme", martèle le quotidien conservateur FAZ.
Cette ligne est aussi celle des Verts, de la gauche radicale mais aussi de l'extrême droite (AfD) et des ONGs Human Rights Watch ou Amnesty international.
Et des manifestations de groupes turcs et kurdes anti-Erdogan sont prévues vendredi à Berlin et samedi à Cologne où il doit inaugurer une mosquée.
Autre signe de mauvaise humeur allemande, Angela Merkel et plusieurs autres figures politiques n'assisteront pas au dîner d'Etat organisé en l'honneur de M. Erdogan par le président Frank-Walter Steinmeier.
Car Berlin n'a guère digéré les attaques incessantes du président turc, notamment ses accusations de "nazisme" lancées l'an dernier contre le gouvernement allemand.
"L'Allemagne et la Turquie sont très loin d'avoir une relation normale, le rhétorique belliqueuse n'est pas oubliée (...) et le chemin est encore long pour rétablir la confiance", résume la présidence allemande.
La chancelière, affaiblie par une année de crises gouvernementales et par les tensions dans sa majorité sur la politique migratoire, devrait donc maintenir une certaine distance.
Mais elle ne veut pas braquer pour autant Ankara, alors que l'Allemagne compte une communauté turque de trois millions de personnes.
La Turquie est aussi un partenaire incontournable pour empêcher tout nouvel afflux de demandeurs d'asile depuis la Syrie.
La situation à Idleb, dernier grand bastion de la rébellion, doit en particulier être évoquée avec M. Erdogan, les Turcs ayant jusqu'au mi-octobre pour faire accepter aux insurgés une zone démilitarisée, en vertu d'un accord avec Moscou.
Il s'agit d'éviter, en vue de l'offensive du régime syrien, la fuite vers la Turquie, voire l'Europe, de centaines de milliers de Syriens.
'Islamophobie' en Europe
Le sujet est important pour Mme Merkel, dont la décision d'accueillir plus d'un million de demandeurs d'asile en 2015-2016 a entraîné une percée historique de l'extrême droite (AfD) aux législatives de septembre 2017, affaiblissant considérablement la chancelière et minant la cohésion de sa majorité.
Le président turc compte lui discuter de cette poussée des partis anti-migrants et anti-islam, certains ayant même pris place dans des gouvernements européens.
"L'essor du radicalisme de droite et du racisme institutionnel sont aujourd'hui le plus grand danger pour l'ordre démocratique de l'Union européenne", a écrit M. Erdogan dans sa tribune, jugeant que c'est "l'islamophobie" ambiante qui bloque l'entrée de la Turquie dans l'UE.
Enfin, il voudra parler économie, alors que son pays fait face à une crise importante. Il attend d'ailleurs des "mesures" de l'Allemagne pour soutenir la relation dans ce domaine.
Le groupe allemand Siemens lorgne lui sur un méga-chantier de construction de lignes à grande vitesse dont le montant total pourrait s'élever à 35 milliards d'euros.
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