M. Bolsonaro, 63 ans, a "une lésion à l'abdomen qui a été provoquée par un instrument tranchant", a annoncé l'hôpital Santa Casa de la ville de Juiz de Fora, qualifiant son état de "stable".
Dans une conférence de presse après l'opération chirurgicale, les médecins ont précisé que le député avait "trois perforations graves à l'intestin" ayant provoqué une hémorragie interne. Il a subi une colostomie.
Un transfert de M. Bolsonaro ne peut pas être envisagé "pour le moment", ont dit les médecins de cet établissement de Juiz de Fora, une ville de 700.000 habitants de l'Etat du Minas Gerais (sud-est), où des sympathisants organisaient une veillée.
L'un de ses fils, Flavio Bolsonaro, député de l'Etat de Rio de Janeiro, après avoir d'abord évoqué sur Twitter "des blessures superficielles", a ensuite admis sur son compte: "Malheureusement, c'est plus grave que nous ne le pensions. Prions pour lui".
Des images télévisées ont montré M. Bolsonaro, juché sur les épaules de sympathisants lors d'un bain de foule, recevant un coup violent sous le thorax. Il s'est effondré en arrière avec une grimace de douleur, avant d'être rapidement évacué.
Il était en pleine campagne, vêtu d'un tee-shirt jaune et saluant la foule dans une rue bondée de Juiz de Fora, quand il a été attaqué, un événement rare dans une campagne présidentielle au Brésil, pays pourtant très violent.
Dérapages racistes
Un porte-parole de la police militaire du Minas Gerais a annoncé à l'AFP que le suspect, un homme de 40 ans, avait été immédiatement arrêté. Il a précisé qu'il "portait un couteau enveloppé dans un tissu".
Il a ajouté que la police tentait de déterminer s'il avait agi pour des motivations politiques ou en raison de problèmes psychologiques.
L'agresseur a milité au sein du parti de gauche PSOL de 2007 à 2014, a confirmé à l'AFP le Tribunal supérieur électoral (TSE), et il a dit avoir agi "pour accomplir une mission de Dieu".
M. Bolsonaro -- avocat fervent d'une libéralisation du port d'armes pour lutter contre la criminalité -- bénéficiait d'une protection de la police fédérale, en tant que candidat à la présidence, a confirmé la police à l'AFP.
Le président Michel Temer a demandé en soirée au ministre de la Sécurité, Raul Jungmann, "un renforcement de la sécurité des candidats et une enquête rigoureuse", a indiqué à l'AFP un porte-parole de la présidence.
Grand admirateur de la dictature militaire (1964-85) et habitué des dérapages racistes, misogynes ou homophobes, M. Bolsonaro arrive largement en tête des intentions de vote du premier tour de la présidentielle (22%).
C'est ce qu'a indiqué le premier sondage réalisé après la récente invalidation de la candidature de l'ex-président Luis Inacio Lula da Silva, jusque-là grand favori malgré sa condamnation à plus de 12 ans de prison pour corruption.
M. Bolsonaro, du petit Parti social libéral (PSL), serait toutefois battu par la quasi totalité de ses adversaires au second tour.
"Punition exemplaire"
L'ancien capitaine de l'armée est par ailleurs le candidat suscitant le plus de rejet, surtout parmi les femmes.
Le président Temer et les candidats à a présidentielle ont rapidement condamné l'attaque contre le député d'extrême droite.
"Il est intolérable de voir que dans un Etat démocratique il n'est pas possible d'avoir une campagne normale", a lancé le chef de l'Etat.
L'écologiste Marina Silva, en 2e position dans les sondages derrière M. Bolsonaro (12%) pour le premier tour, a jugé cette attaque "inadmissible" et a évoqué "un double attentat, contre son intégrité physique et contre la démocratie".
Le candidat du PSDB (centre droit) Geraldo Alckmin a estimé sur Twitter que "la politique se fait par le dialogue, et jamais avec la haine".
L'ex-gouverneur de Sao Paulo a espéré que "l'enquête sur l'attaque subie par le député Jair Bolsonaro sera rapide, et la punition exemplaire", tout en souhaitant un "prompt rétablissement au candidat".
Un autre candidat, Ciro Gomes (centre gauche), a rejeté dans un tweet également "la violence comme langage politique". Il a exigé que "les autorités punissent les responsables de cette barbarie".
L'attaque contre M. Bolsonaro "pourrait redéfinir le processus électoral", a dit à l'AFP l'analyste Thiago Vidal, qui n'exclut pas que M. Bolsonaro "pourrait être en meilleure position".
Mais elle risque aussi d'accentuer la très grande polarisation du pays à un mois de la présidentielle du 7 octobre, la plus incertaine de son Histoire récente.
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