Le bateau devrait arriver au port de la Valette vers 11H30 GMT, selon un communiqué du gouvernement maltais, qui a donné son feu vert après que cinq autres pays européens se sont engagés à en accueillir les passagers.
L'armée maltaise a été mobilisée pour faciliter le débarquement des migrants, originaires pour la plupart de Somalie et d'Erythrée, qui devront passer un contrôle médical à leur arrivée, selon les autorités locales. Secourus vendredi au large de la Libye, la moitié sont des mineurs et plus d'un tiers des femmes.
"Deux enfants ont moins de cinq ans et trois moins de 13 ans", a déclaré à l'AFP Aloys Vimard, le coordinateur de Médecins sans frontières à bord de l'Aquarius, soulignant que les rescapés étaient "épuisés, marqués par leur voyage et leur séjour en Libye".
Deux mois après avoir suscité une intense crise diplomatique, ce navire affrété par les ONG SOS Méditerranée et Médecins sans frontières (MSF, qui a son bureau international à Genève) a de nouveau erré plusieurs jours en quête d'un port d'accueil, mettant l'Europe face à ses "responsabilités".
Rejeté par l'Italie mais aussi dans un premier temps par Malte, qui avait recueilli lundi 114 migrants secourus par sa marine, l'Aquarius a finalement été autorisé mardi à accoster à La Valette à la suite d'un accord avec cinq autres pays de l'Union européenne. La France, l'Allemagne, le Luxembourg, le Portugal et l'Espagne ont accepté de se répartir l'accueil des 141 migrants à bord et des 114 autres arrivés lundi sur l'île.
L'Espagne, qui avait accueilli l'Aquarius en juin au moment de sa précédente errance, a fait savoir mardi qu'elle prendrait en charge sur son sol 60 des 141 migrants.
La France, dont le président Emmanuel Macron avait été vivement critiqué en juin pour avoir fermé les portes à l'Aquarius, a également assuré qu'elle recevrait 60 migrants.
L'Allemagne s'est de son côté engagée à recevoir "jusqu'à 50" réfugiés et le Portugal s'est dit "disponible" pour accueillir 30 personnes.
"Dangereux et immoral"
Sur Twitter, SOS Méditerranée s'est félicité mercredi de l'entente entre les différents pays européens qui se sont "mis d'accord pour partager les responsabilités au sein d'une réponse (...) coordonnée".
Le Haut Commissaire des Nations Unies pour les réfugiés, Filippo Grandi, a lui aussi salué dans un communiqué "la fin de l'impasse concernant l'Aquarius", mais il a toutefois jugé que "cette situation n'aurait jamais dû en arriver à ce point".
"Il est faux, dangereux et immoral de continuer à faire errer des navires de sauvetage en Méditerranée, alors que les gouvernements se font concurrence pour se décharger de leurs responsabilités", a ajouté M. Grandi en estimant "urgent" de sortir "des approches +bateau par bateau+ pour savoir où débarquer les passagers secourus".
L'odyssée en juin de l'Aquarius avec plus de 600 personnes à son bord avait duré une semaine après les refus de Malte et de l'Italie, dont le ministre de l'Intérieur d'extrême droite Matteo Salvini avait mis un point d'honneur à ne pas accueillir de nouveaux migrants.
Les dirigeants de l'UE s'étaient réunis le 24 juin mais sans réussir à arracher un compromis avec les partisans d'une ligne dure sur l'immigration, comme l'Italie et le groupe de Visegrad (Hongrie, République tchèque, Slovaquie et Pologne).
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