Froome, candidat à une cinquième victoire et au doublé Giro-Tour, a faibli dans les 1800 derniers mètres de cette courte étape de 65 kilomètres, très intense dans son final.
A l'arrivée à l'altitude de 2215 mètres, le quadruple vainqueur du Tour a lâché une cinquantaine de secondes à Thomas, à peine moins sur le Néerlandais Tom Dumoulin et le Slovène Primoz Roglic, ses rivaux pour le podium à Paris.
"'G' (le surnom de Geraint Thomas) mérite d'être en jaune. J'espère qu'il va garder le maillot jaune jusqu'au bout", a déclaré Froome dans une sorte de capitulation.
"Je vais continuer de me battre jusqu'au bout pour l'équipe et pou Geraint", a ajouté le vainqueur sortant du Tour.
Dans le cadre sauvage du Portet, une ascension inédite du Tour au-dessus de Saint-Lary-Soulan, Froome est descendu de la deuxième à la troisième place au classement. A plus de deux minutes et demie de son coéquipier, en position de leader unique l'équipe Sky qui a cadenassé de nouveau la course.
Bardet s'incline
Thomas et Froome avaient encore deux coéquipiers, le Néerlandais Wout Poels et surtout le Colombien Egan Bernal (qui a attendu Froome sur la fin), à 6 kilomètres de l'arrivée, dans un groupe de neuf coureurs. Au moment où Romain Bardet a dû laisser filer ses compagnons.
"Une journée vraiment terrible", a commenté le Français qui a terminé une minute environ derrière Froome. "Les jambes ne répondaient pas, j'ai eu des maux de tête dans la dernière montée. C'est difficile à accepter mais c'est la loi du sport."
Présent sur le podium ces deux dernières années, Bardet a rétrogradé de la 5e à la 8e place, à plus de 5 minutes de Thomas.
Pour la victoire d'étape, Quintana a précédé de 28 secondes l'Irlandais Dan Martin, le premier à dégainer au pied de la montée finale, et de 47 secondes Thomas, qui a grignoté quelques secondes à Dumoulin et à Roglic sur les dernières rampes.
"Je me sentais bien, j'ai même repris du temps sur la fin", s'est félicité le Gallois, sans pour autant crier victoire: "Sur le Tour, tout peut arriver. Il faut prendre les jours comme ils viennent."
L'étape, ramassée sur 65 kilomètres avec trois ascensions, a donné lieu à un scénario traditionnel malgré un départ innovant, façon grille de départ F1.
L'Estonien Tanel Kangert a initié une échappée qu'il a poursuivi jusqu'à 8,5 kilomètres de l'arrivée. Kangert a été longtemps accompagné par le Français Julian Alaphilippe qui a quasiment assuré son maillot à pois du meilleur grimpeur.
La deuxième de Quintana
En revanche, le porteur du maillot vert, le champion du monde Peter Sagan, a connu une sérieuse frayeur. Le Slovaque a chuté dans la descente d'Azet et a rallié l'arrivée, le maillot largement déchiré. Après la course, il est allé passer des examens.
Dans le groupe des favoris, les équipes de Bardet et de Quintana ont pris les choses en main dans le col d'Azet-Val Louron, sans déstabiliser pour autant l'équipe Sky. Mais tout s'est joué dans l'ultime montée de 16 kilomètres, classée hors catégorie (8,7 % de pente moyenne) et inédite sur le Tour.
Quintana s'est dégagé sur les premières rampes du Portet et s'en est allé vers son deuxième succès d'étape. Cinq ans après sa victoire dans le Semnoz, à la veille de l'arrivée du Tour 2013 qu'il avait terminé, pour ses débuts, à la deuxième place.
Par la suite, le Colombien (28 ans) a accroché deux autres podiums. Mais sans parvenir à la même réussite que dans le Giro et la Vuelta, deux grands tours qui figurent à son palmarès.
Jeudi, la 18e étape revient dans la plaine entre Trie-sur-Baïse et Pau (171 km), avant les derniers cols programmés pour vendredi. Avec un maillot jaune qui dispose désormais d'une avance de 1 min 59 sec sur Dumoulin, l'adversaire le plus coriace.
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