L'accord prévoit un arrêt des combats, l'abandon par les rebelles de leurs armes et un retour des institutions gouvernementales dans cette province du sud-ouest du pays.
Les insurgés refusant l'accord --dont les membres du groupe jihadiste Hayat Tahrir al-Cham, ancienne branche syrienne d'Al-Qaïda-- pourront se rendre en territoire rebelle dans le nord de la Syrie.
"Début de la sortie des bus transportant les terroristes ayant refusé l'accord vers Idleb", une province du nord-ouest du pays majoritairement contrôlée par des rebelles et des jihadistes, a rapporté la télévision d'Etat.
Le régime de Bachar al-Assad utilise le terme de "terroristes" pour désigner tous les combattants qui s'opposent à lui.
Les bus étaient arrivés jeudi soir dans la partie de Qouneitra contrôlée par le régime, a indiqué à l'AFP le directeur de l'OSDH, Rami Abdel Rahmane.
Il n'est pas encore clair combien d'insurgés et de civils seront évacués.
Au cours de l'évacuation, l'un des chauffeurs des bus a perdu le contrôle de son véhicule, écrasant quatre personnes, dont deux femmes, qui attendaient leur évacuation. Des rebelles ont alors tiré sur le conducteur, qui a été blessé, a rapporté l'OSDH.
Les insurgés contrôlaient depuis 2012 la majorité de la province de Qouneitra, ainsi que la zone tampon séparant ce territoire de la partie du plateau du Golan occupée par Israël.
Les forces de police se chargeront du contrôle du territoire situé dans la zone tampon.
Dans le nord syrien, un autre accord cette semaine a conduit à l'évacuation, jeudi, de milliers d'habitants de deux localités prorégime assiégées par les insurgés.
Ces deux accords, négociés par Moscou, sont perçus comme une nouvelle victoire pour Bachar al-Assad dans la guerre qui ravage le pays depuis plus de sept ans et qui a fait plus de 350.000 morts et des millions de déplacés.
Recourant à leur puissance de feu et à des accords de reddition, les forces progouvernementales avaient capturé ce mois-ci plus de 90% de Deraa, la province méridionale où les premières manifestations contre le régime avaient éclaté en 2011.
Après Deraa, l'aviation du régime avait lourdement bombardé la province voisine de Qouneitra, poussant les rebelles à accepter une reddition.
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