Un correspondant de l'AFP sur place a compté une vingtaine de bus quittant ces localités dans le cadre d'un accord passé entre la Russie, alliée du régime, et la Turquie, soutien des rebelles.
Des combattants et des civils étaient visibles à bord des véhicules, ainsi que quantité d'effets personnels.
Les évacuations concernent la totalité des habitants des deux villages qui doivent être transférés vers des territoires sous contrôle gouvernemental dans la province voisine d'Alep, selon une ONG basée en Grande-Bretagne, l'Observatoire syrien des droits de l'homme (OSDH).
Les villages de Foua et de Kefraya (nord-ouest), en majorité de confession chiite et acquis au régime, sont assiégés par des rebelles et par le groupe jihadiste Hayat Tahrir al-Cham, ancienne branche d'Al-Qaïda en Syrie, qui contrôlent la plus grande partie de la province.
Mercredi, sur la route menant aux deux villages, un responsable de la zone assiégée et un responsable de Hayat Tahrir al-Cham avaient donné le coup d'envoi des opérations. Des barricades de terre bloquant le passage ont été enlevées et 84 bus ont pu entrer, a constaté un correspondant de l'AFP.
"Des dizaines de bus et d'ambulances sont entrés dans les deux localités de Foua et Kefraya pour sortir les habitants assiégés par les terroristes", a annoncé l'agence de presse officielle Sana, utilisant le terme habituellement employé par le régime pour désigner tous les insurgés.
Au total, quelque 6.900 personnes, civils et combattants, doivent être évacués, selon une source au sein de Hayat Tahrir al-Cham. En contrepartie, 1.500 détenus seront libérés des prisons du régime.
"Geste de bonne volonté"
Le siège de Foua et de Kefraya a commencé en 2015 lorsque rebelles et djihadistes ont envahi la province d'Idleb, coupant l'accès à la nourriture et aux médicaments. L'ONU et le Croissant-Rouge arabe syrien ont fourni une aide humanitaire dans le cadre d'opérations réciproques synchronisées avec deux villes proches de Damas assiégées par le gouvernement, Zabadani et Madaya.
En avril 2017, les quatre villes ont également fait l'objet d'opérations d'évacuation coordonnées. Mais un attentat suicide visant un convoi de civils évacués de Foua et de Kefraya a fait 150 morts, dont 72 enfants.
Les résidents traumatisés restés en arrière ont dit qu'ils craignaient que le scénario ne se répète lors des nouvelles évacuations.
La sécurité était renforcée dans la nuit de mercredi à jeudi alors que les bus quittaient très lentement les localités assiégées, des combattants de Hayat Tahrir al-Cham entourant le convoi.
Juste avant minuit, des ambulances transportant 15 résidents malades et blessés sont parties en premier et se sont dirigées dans l'obscurité vers le point de passage d'Al-Eis, qui relie la province d'Idleb, tenue par les rebelles, à des parties de la province d'Alep contrôlées par le régime, a constaté l'AFP.
Une source de Hayat Tahrir al-Cham a déclaré qu'il s'agissait d'un "geste de bonne volonté" avant l'évacuation complète.
"Droit au retour"
Selon l'OSDH, l'accord russo-turc garantirait également qu'Idleb ne subisse pas une offensive militaire du régime.
La province est limitrophe de la Turquie au nord-ouest, mais elle est presque totalement entourée par des territoires contrôlés par le régime.
Elle abrite plus de deux millions de personnes, y compris des civils syriens et des rebelles qui sont venus s'y réfugier en provenance d'autres territoires dans le cadre d'accords de reddition.
Militants et groupes de défense des droits de l'Homme ont averti que de tels transferts de population peuvent équivaloir à des déplacements forcés.
Le Comité international de la Croix-Rouge (CICR) a insisté sur le fait que tout mouvement de population doit être volontaire.
"Toute évacuation, en Syrie ou ailleurs, doit respecter les règles humanitaires de base: les civils peuvent choisir de rester ou de partir. Les civils doivent être protégés contre les attaques, en tout temps. Les évacuations sont temporaires, les civils ont le droit de rentrer chez eux", a écrit le CICR sur Twitter.
Déclenché en 2011, après la répression par le régime de manifestations pacifiques demandant des réformes démocratiques, le conflit en Syrie s'est complexifié au fil des ans avec l'implication de pays étrangers et de groupes jihadistes, sur un territoire de plus en plus morcelé.
Il a fait plus de 350.000 morts et déplacé des millions de personnes.
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