"Les secours, le sauvetage de vies et les évacuations sont une course contre la montre", a déclaré le Premier ministre Shinzo Abe durant une réunion de crise à Tokyo avec les principaux ministres, tandis que le porte-parole du gouvernement a également fait part de nombreuses disparitions de personnes.
La chaîne publique NHK faisait état d'un bilan encore plus lourd de 75 morts et 61 disparus.
Une centaine d'habitants des régions les plus touchées ont été blessées, d'après l'Agence de gestion des incendies et catastrophes naturelles.
L'état d'alerte maximum a été levé partout, mais des avis de niveaux inférieurs sont maintenus.
Dans la localité de Mihara, près d'Hiroshima, la pluie s'est arrêtée dimanche après-midi et les habitants ont commencé à revenir après avoir passé la nuit dans un refuge ou autre lieu plus sûr que leur maison. Ils restent éteints face à l'ampleur du désastre.
Masanori Hiramoto, 68 ans, est sans mot devant l'état de sa demeure. "Je ne sais même pas par où commencer le nettoyage", a confié à l'AFP ce fermier d'une partie de cette région rizicole.
Les routes sont des rivières boueuses, laissant apparaître ici et là, à moitié noyés, des véhicules laissés à l'abandon.
"Cette zone a été transformée en océan. Je me fais du souci car j'ignore combien de temps cela va rester ainsi", se désolait Nobue Kakumoto, un habitant âgé de 82 ans.
A Saka, une autre agglomération de la préfecture de Hiroshima, Eiichi Tsuiki, 69 ans, n'en revient pas : "je vis ici depuis 40 ans, je n'ai jamais vu ça", dit-il à l'AFP.
Les maisons alentours ont été quittées dans un mouvement de panique. Des sauveteurs s'affairent pour tenter de déblayer des passages sur des voies obstruées par les coulées de boue.
"Les opérations de secours sont maintenues 24 heures sur 24. Nous essayons aussi de remettre en état les infrastructures vitales comme le réseau d'eau et le gaz", a indiqué Yoshihide Fujitani, un responsable de la gestion des catastrophes de la préfecture d'Hiroshima.
En début de nuit, quelque 80 personnes restaient encore piégée dans un hôpital de Kurashiki, dans la préfecture d'Okayama, alors que l'eau d'une rivière avoisinante a déferlé sur la région.
Les sauveteurs ont hélitreuillé une partie des sinistrés réfugiés dans l'établissement tandis que d'autres, dont certains en fauteuils roulants, étaient évacués par bateau.
Précipitations record
Mutsunari Imawaka, un porte-parole du bureau de gestion des catastrophes de la préfecture d'Okayama, a expliqué à l'AFP que la situation était très difficile à évaluer : "la catastrophe est énorme et nous travaillons dur pour sauver le plus de vies possibles".
"C'est une situation anormale face à un danger imminent, n'approchez pas les zones à risque, restez vigilants", a insisté un responsable de l'agence météorologique, Yasushi Kajiwara, lors d'un point de presse.
Les précipitations record enregistrées depuis plusieurs jours dans plusieurs régions ont entraîné des crues exceptionnelles, des glissements de terrain et inondations, piégeant de nombreux habitants malgré des ordres d'évacuation donnés à plus de deux millions de personnes, instructions pas toujours respectées car il est parfois déjà impossible ou trop dangereux de bouger.
Quelque 54.000 pompiers, policiers et militaires des Forces d'autodéfense ont été déployés sur le terrain, "faisant leur maximum pour sauver des vies", a souligné M. Abe, mais ils affrontent des difficultés majeures compte tenu de l'inaccessibilité de certains lieux en pleine campagne.
Les services de secours essayaient un peu partout de sauver des habitants réfugiés sur les toits de leurs maisons en grande partie sous les eaux. Les images de télévision les montraient agitant des chiffons blancs pour être repérés. Hélicoptères, bateaux et autres véhicules ont été mobilisés.
Nombreux sont aussi ceux qui lançaient des appels au secours sur les réseaux sociaux.
Et le gouvernement a mis en place dimanche un "quartier général de gestion de la catastrophe".
Usines stoppées
Il était encore difficile de dénombrer les glissements de terrain, routes et ponts saccagés voire emportés. D'épais flots boueux déferlaient sur des quartiers totalement noyés, selon les images des télévisions.
Les précipitations ont dépassé un mètre en une centaine d'heures dans plusieurs régions, l'agence météorologique estimant que de tels niveaux ne sont atteints que rarement en plusieurs décennies.
Des usines (Panasonic, Mitsubishi Motors, Mazda) ont été contraintes de stopper leurs chaînes de production dans la région de même que des services comme Amazon.
Le Japon est souvent traversé par d'importants fronts pluvieux en plus des typhons parfois meurtriers qui le balayent régulièrement en été.
Tous les ans, des glissements de terrain meurtriers sont recensés dans l'archipel. Quelque 72 morts avaient été déplorés en 2014 dans la région de Hiroshima et une quinzaine de personnes avaient péri dans le nord en 2016 après le passages d'un typhon.
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