La région de Tokyo a par ailleurs été frappée samedi soir par un séisme de magnitude 5,9 selon l'institut de géophysique américain USGS, qui n'a pas déclenché de risque de tsunami. Aucun dégât n'a été rapporté dans l'immédiat.
Les précipitations record enregistrées depuis plusieurs jours dans plusieurs régions, dont celles d'Hiroshima, de Kyoto et d'Okayama, ont entraîné des crues exceptionnelles, des glissements de terrain et inondations, piégeant de nombreux habitants malgré des ordres d'évacuation pas toujours respectés.
"Nous nous attendons à ce que le nombre de victimes augmente car nous n'avons recueilli qu'une partie des informations", a indiqué à l'AFP un responsable de la section de gestion des désastres de la préfecture d'Ehime, également concernée.
La chaîne publique NHK, dont les programmes habituels sont en partie remplacés par des éditions spéciales, évoquait un bilan de 49 morts et 48 disparus en début de nuit au Japon (samedi après-midi en heure GMT).
D'autres chaînes donnaient des chiffres assez proches.
La préfecture de Hiroshima totaliserait le plus lourd bilan avec au moins 23 morts selon la NHK, mais les provinces d'Aichi, Gifu, Kyoto ou encore Okayama apparaissent aussi durement touchées.
Quelque 48.000 pompiers, policiers et militaires des Forces d'autodéfense ont été déployés sur le terrain, mais ils affrontent des difficultés majeures compte tenu de l'inaccessibilité de certains lieux en pleine campagne. La venue de la nuit ne va pas faciliter leur tâche.
Les services de secours essayaient de sauver des habitants réfugiés sur les toits de leurs maisons en grande partie sous les eaux. Hélicoptères, bateaux et autres véhicules ont été mobilisés.
Le Premier ministre Shinzo Abe a qualifié la situation "d'extrêmement grave" et ordonné le déploiement de tous les moyens possibles pour sauver des vies. Le gouvernement a mis en place une cellule de crise.
"Emportée par les eaux"
L'agence météorologique a placé en alerte maximale plusieurs régions et mis en garde contre des risques élevés de dégâts majeurs. "Une vigilance maximum s'impose", répètent les météorologues.
Des maisons se sont effondrées par endroits en raison de glissements de terrain, des routes et ponts ont été saccagés voire emportés par les violents et épais flots boueux et des quartiers entiers totalement noyés, selon les images des télévisions.
"J'étais dans ma voiture et soudainement l'eau est arrivée par devant et derrière engloutissant la route. J'ai réussi à m'enfuir, mais j'ai eu peur", a témoigné pour le journal Mainichi Yuzo Hori, qui se trouvait dans la région de Hiroshima (sud-ouest).
"Ma maison a été emportée par les eaux et complètement détruite", a pour sa part rapporté Toshihide Takigawa, également à Hiroshima.
Les précipitations ont dépassé un mètre en 72 heures dans plusieurs régions, l'agence météorologique estimant que de tels niveaux ne sont atteints que rarement en plusieurs décennies. Elle a qualifié les pluies de "terribles" et estimé qu'elles dureraient jusqu'à dimanche.
Le Japon est souvent traversé par d'importants fronts pluvieux en plus des typhons parfois meurtriers qui le balayent régulièrement en été.
Rien d'aussi dramatique avec le tremblement de terre qui s'est produit à 20H24 locales (11H24 GMT) et été précédé d'une alarme avertissant les habitants.
"C'était un type de secousses latérales plutôt longues, quelques objets sont tombés, mais ça va", a témoigné une femme résidant dans la région de Chiba, dans l'une des zones les plus secouées.
Une partie des trains de la région étaient stoppés pour vérification des voies, selon la NHK.
Le Japon, situé à la jonction de la quatre plaques tectoniques, subit chaque année plus de 20% des séismes les plus forts recensés sur Terre.
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