L'embarcation principale, avec à son bord une vingtaine de personnes, était suivie par d'autres bateaux plus petits. Il n'est pas clair si le cortège a pris la mer avec l'objectif de franchir les limites du blocus israélien, qui impose aux navires de rester à moins de neuf milles (16 kilomètres) des côtes de Gaza.
L'armée israélienne n'a pas commenté ce départ, ni si elle comptait riposter.
Quelques heures auparavant, Israël a annoncé avoir intercepté une partie des 28 obus de mortier tirés mardi matin depuis Gaza vers le sud d'Israël, sans faire de victime.
Il s'agit de l'attaque au mortier la plus importante depuis la guerre de 2014 entre Israël et le Hamas qui contrôle la bande de Gaza.
L'armée israélienne a répondu à ces tirs en visant des positions appartenant au Hamas et au Jihad islamique, un groupe armé allié du mouvement islamiste.
Le Premier ministre Benjamin Netanyahu a promis de riposter "avec force" à ces "attaques".
L'enclave est soumise à un strict blocus israélien terrestre, aérien et maritime depuis plus de dix ans, qu'Israël justifie par la nécessité d'empêcher le Hamas de se procurer des armes.
Depuis le 30 mars, la barrière qui sépare la bande de Gaza d'Israël a été le théâtre de manifestations qui ont tourné à l'affrontement sanglant.
Les Gazaouis manifestent pour réclamer le droit des réfugiés palestiniens à revenir sur les terres de 1948, date de la création d'Israël, et contre le blocus imposé par Israël à l'enclave. Le mouvement a tourné le 14 mai à la protestation contre l'inauguration de l'ambassade des États-Unis à Jérusalem.
Au moins 121 Palestiniens ont été tués par des tirs israéliens depuis le début, le 30 mars, de cette mobilisation. La majorité ont trouvé la mort dans des violences le long de la frontière, dont au moins 61 le 14 mai.
Israël dit défendre ses frontières et accuse le Hamas de s'être servi de la mobilisation palestinienne pour couvrir des tentatives d'attaques, et d'avoir délibérément mis en danger la vie de femmes et d'enfants.
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