Les trois attaques ont été perpétrées dans trois endroits différents à dix minutes d'intervalle, la première explosion s'étant produite à 07H30 (00H30 GMT), a précisé la police de Surabaya, deuxième ville d'Indonésie, dans l'est de l'île de Java.
"Neuf personnes sont mortes et 40 ont été blessées", a déclaré un porte-parole de la police locale, Frans Barung Mangera, précisant que deux policiers figuraient parmi les blessés.
Ces attaques, qui n'ont pas été revendiquées, interviennent à quelques jours du début du ramadan dans ce pays d'Asie du Sud-Est qui est en état d'alerte depuis des attentats perpétrés ces dernières années, certains par le groupe jihadiste Etat islamique (EI).
La télévision a diffusé des images d'une personne conduisant sa moto à proximité d'une église avant qu'une explosion ne se produise. D'autres images montraient un véhicule en feu d'où s'élevait une colonne de fumée noire.
Des démineurs de la police ont part ailleurs désamorcé des bombes à la Gereja Pantekosta Pusat Surabaya (Eglise pentecôtiste du centre de Surabaya).
Des images diffusées par les médias montraient un corps gisant devant une porte de l'église catholique Santa Maria à Surabaya et des membres de la police scruter les lieux au milieu des décombres.
"J'étais effrayé"
Au moins un assaillant a été tué quand la bombe à explosé à Santa Maria, a indiqué la police.
"J'étais effrayé. Beaucoup de gens criaient", a raconté à l'AFP Roman, un homme de 23 ans témoin de l'explosion à cette église.
Ces attaques surviennent quelques jours après qu'un policier et un détenu ont été tués au cours de violents affrontements dans une prison de haute sécurité dans la banlieue de la capitale Jakarta. L'EI avait revendiqué l'incident mais la police indonésienne avait écarté l'implication de ce dernier.
La police a indiqué dimanche que quatre membres présumés du groupe radical Jamaah Anshar Daulah avaient été tués dans des opérations liées à l'émeute dans la prison, sans toutefois dire si ce mouvement était lié aux attentats de dimanche.
L'intolérance religieuse a augmenté ces dernières années en Indonésie, pays de 260 millions d'habitants dont près de 90% sont de confession musulmane, mais qui compte aussi des minorités comme les chrétiens, hindous et bouddhistes.
D'autres attaques visant des églises se sont produites ces dernières années à travers l'archipel d'Asie du Sud-Est.
Attaque à l'épée en février
En février, la police était parvenue à neutraliser un homme armé d'une épée qui avait attaqué en pleine messe une église à Sleman, sur l'île de Java, blessant quatre personnes dont un prêtre.
En 2016, un adolescent était entré dans une église remplie de fidèles à Medan, sur l'île de Sumatra, s'était approché du prêtre et l'avait légèrement blessé au couteau à un bras. Il avait tenté de faire exploser un objet avant d'être maîtrisé par des fidèles.
Un extrémiste islamiste avait été condamné en septembre dernier à la réclusion criminelle à perpétuité en Indonésie pour une attaque meurtrière au cocktail Molotov perpétrée en 2016 contre une église avec des complices d'un groupe soutenant l'EI.
Les autorités sont en état d'alerte depuis les attentats suicide et attaques armées à Jakarta en janvier 2016, qui avaient coûté la vie à quatre civils.
Les quatre assaillants avaient été tués dans ces attaques revendiquées par l'EI, les premières de cette ampleur en Indonésie depuis 2009.
L'Indonésie avait été précipitée dans sa propre "guerre contre le terrorisme" en 2002 par les attentats de Bali, île la plus touristique du pays où ces attaques avaient fait 202 morts, parmi lesquels de nombreux étrangers.
Les autorités avaient ensuite lancé une offensive majeure contre les extrémistes islamistes et affaibli ainsi les réseaux les plus dangereux, selon des experts. Mais l'organisation jihadiste Etat islamique (EI) est parvenue à mobiliser de nouveau la frange extrémiste indonésienne.
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