Ces heurts se sont produits près de l'Université polytechnique (Upoli), située dans l'est de la capitale et qui est l'un des bastions des étudiants.
Des manifestants ont déclaré à une radio privée qu'ils avaient été attaqués par les forces anti-émeutes et qu'il y avait des blessés.
Ils ont diffusé sur les réseaux sociaux une vidéo montrant un jeune homme inconscient porté vers l'Université polytechnique par ses camarades qui s'écrient: "Que la population sache ce que fait le gouvernement d'Ortega".
La police, pour sa part, a déclaré qu'elle était intervenue pour protéger des habitants du quartier de l'Upoli qui étaient selon elle "attaqués par des groupes de délinquants de la droite".
Des centaines d'étudiants d'autres universités ont eux aussi participé aux manifestations antigouvernementales de lundi soir.
Dimanche, des manifestations ont fait au moins quatre blessés à Masaya, dans le sud, a annoncé lundi le Centre nicaraguayen des droits de l'homme (Cenidh).
En trois semaines, les manifestations contre le pouvoir de M. Ortega ont fait 47 morts et plus de 400 blessés, selon le Cenidh.
Le gouvernement a donné un bilan de 10 morts au début du mouvement, mais n'en a pas donné d'autre depuis.
La vague de contestation a été lancée le 18 avril par des étudiants qui protestaient contre une réforme des retraites instaurant une hausse des cotisations et une baisse des pensions.
Ces manifestations sont rapidement devenues une mobilisation générale pour dénoncer la confiscation du pouvoir par le président Daniel Ortega, un ancien guérillero âgé de 72 ans, à la tête du Nicaragua de 1979 à 1990 puis redevenu président en 2007.
Le vice-président américain Mike Pence a dénoncé lundi "la répression" et l'usage d'une "force meurtrière" au Nicaragua.
"Les Etats-Unis condamnent ces actes brutaux dans les termes les plus forts possibles", a déclaré M. Pence dans un discours au siège à Washington de l'Organisation des Etats américains (OEA).
Il a exhorté le président Ortega à laisser entrer la Commission interaméricaine des droits de l'Homme (CIDH) pour enquêter sur la mort de dizaines de manifestants.
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