Le ministère n'a pas révélé l'identité du Palestinien tué qui est mort à l'hôpital Chifa dans la ville de Gaza à la suite d'une attaque aérienne israélienne.
L'armée israélienne avait annoncé auparavant qu'un de ses appareils avait visé un Palestinien armé près de la frontière.
Elle a prévenu dans un communiqué qu'elle "ne permettra pas que soit porté atteinte à la sécurité des civils israéliens et continuera à opérer contre les terroristes impliqués dans des actes de terreur".
Le ministère de la Santé du Hamas a également annoncé qu'un Palestinien blessé vendredi dernier par des tirs de soldats israéliens est décédé, portant le bilan de cette journée, la plus sanglante depuis la guerre de 2014, à 18 morts.
Chadi al-Kachif, 34 ans, a été touché à la tête près de la frontière dans le sud de la bande de Gaza. Ce décès porte à 20 le nombre de Palestiniens tués depuis le 30 mars.
Des appels ont été lancés aux gazaouis pour participer après la prière hebdomadaire à de nouvelles protestations dans cette zone sous haute tension.
Le ministre israélien de la Défense Avigdor Lieberman a prévenu que les Palestiniens qui s'approcheraient de la frontière mettraient "leur vie en danger.
Des dizaines de milliers de Palestiniens ont afflué le 30 mars près de la barrière séparant Israël de Gaza, au premier jour de "la marche du retour". Cette protestation, qui doit durer six semaines, vise à réclamer "le droit au retour" de quelque 700.000 Palestiniens chassés de leurs terres ou ayant fui lors de la guerre qui a suivi la création d'Israël en 1948.
Le secrétaire général de l'ONU, Antonio Guterres, ainsi que la représentante de la diplomatie européenne, Federica Mogherini, ont réclamé une "enquête indépendante" sur l'usage par Israël de balles réelles, une demande aussitôt rejetée par l'Etat hébreu.
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