Avec 60,7% des voix, selon des résultats portant sur plus de 95% des voix annoncés officiellement dimanche soir, cet ex-ministre du Travail de 38 ans devance son adversaire, le pasteur évangéliste Fabricio Alvarado (sans lien de parenté), qui a obtenu 39,3%.
Dans la foulée, le candidat conservateur de 43 ans, fermement opposé au mariage homosexuel, a reconnu sa défaite lors d'un discours devant ses supporters et appelé son adversaire pour le féliciter.
"Nous n'avons pas gagné les élections, mais nous pouvons accepter ce résultat la tête haute", a-t-il déclaré, avant de "remercier Dieu en premier".
A l'annonce des résultats, les partisans de Carlos Alvarado massés sur une place de la capitale ont hurlé de joie, agitant drapeaux jaunes et rouges aux couleurs du Parti action citoyenne (PAC, la formation au pouvoir).
"C'est la victoire du candidat qui prônait un discours d'amour et de tolérance", s'est réjoui Rodrigo Echeverria, 48 ans, sorti dans la rue fêter le résultat.
Au contraire de Fabricio, Carlos propose plus d'intervention de l'Etat dans l'économie et est favorable aux unions entre personnes du même sexe.
Tandis que le candidat évangéliste votait, un groupe de femmes manifestait dans la rue contre son conservatisme religieux. Les protestataires étaient vêtues de rouge et blanc, comme dans la série TV "La servante écarlate". Cette oeuvre, adaptée du roman éponyme de Margaret Atwood, décrit le futur apocalyptique d'une société dominée par une secte, où les femmes fertiles sont transformées en esclaves sexuelles.
"Nous protestons contre le fondamentalisme", a expliqué à l'AFP Gabriela Clark, militante du mouvement "Nous nous appartenons".
"Nous voulons non seulement préserver la démocratie, la paix et le respect de la nature mais aussi projeter le Costa Rica vers l'avenir", a déclaré de son côté Carlos Alvarado, après avoir déposé son bulletin dans l'urne.
Les deux candidats, tous deux d'anciens journalistes aimant pousser la chansonnette, étaient au coude-à-coude dans les sondages.
A la différence de son opposant Fabricio, également ancien député et candidat du parti Restauration nationale (RN, évangélique), vedette de la musique chrétienne, le candidat du Parti action citoyenne (PAC, la formation au pouvoir) préfère le rock et a appartenu à un groupe dans sa jeunesse.
Polarisation
"C'est la première fois qu'une élection au Costa Rica se polarise sur des sujets religieux et de droits de l'Homme", souligne l'analyste Gustavo Araya, de la Faculté latino américaine de sciences sociales (Flacso).
Leur quasi-égalité dans les sondages avant le deuxième tour montre selon lui que "la population ne sait pas encore quel modèle de développement elle souhaite" pour ce petit pays vivant de l'écotourisme et réputé pour sa tradition démocratique et sa stabilité politique.
Le Costa Rica est considéré comme un des pays les plus progressistes de la région, avec un taux d'alphabétisation de 97,5% et un investissement supérieur à 7% du PIB dans l'éducation, selon l'Unesco.
L'indice de développement humain de l'ONU en 2016 place ce pays centre-américain en 66e position dans le monde et en 3e place en Amérique latine.
Si, au premier tour, Fabricio Alvarado avait surfé sur son opposition au mariage gay, devenu un thème central, l'évangélique a modéré entre les deux tours son discours et ses références religieuses pour élargir son électorat et nouer des alliances.
Il s'était détaché du peloton de candidats grâce à une prise de position très ferme contre l'union de personnes de même sexe, après une récente décision de justice qui affecte tout le continent.
Le 9 janvier, la Cour interaméricaine des droits de l'Homme (Cour IDH), institution émanant de l'Organisation des Etats américains (OEA), a exhorté les pays de la région à reconnaître le mariage homosexuel, marquant une évolution majeure en Amérique latine.
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