Le meurtre de Jan Kuciak, 27 ans, travaillant pour le site d'informations aktuality.sk, était "très probablement lié" à son travail d'investigation, a déclaré aux médias le chef de la police, Tibor Gaspar.
Les corps du journaliste et de sa compagne, Martina Kusnirova, ont été découverts dans leur maison à Velka Maca, à environ 65 kilomètres à l'est de Bratislava.
Jan Kuciak a été tué d'une balle dans la poitrine alors que sa compagne a été touchée à la tête, selon M. Gaspar.
La police estime que le double meurtre a été commis entre jeudi et dimanche. Les membres de la famille ont contacté la police, inquiets de ne pas pouvoir contacter le couple.
"Si la mort du journaliste d'investigation Jan Kuciak s'avère liée à son travail, il s'agirait d'une attaque sans précédent contre la liberté de la presse et contre la démocratie en Slovaquie", a souligné le Premier ministre, Robert Fico.
Le président du Parlement européen Antonio Tajani a condamné le meurtre.
"L'UE ne peut pas accepter qu'un journaliste soit tué pour avoir fait son travail. J'appelle les autorités slovaques à lancer une enquête minutieuse avec un soutien international si nécessaire", a écrit M. Tajani sur son compte Twitter.
L'organisation de défense des journalistes Reporters sans frontières (RSF) a fermement condamné le meurtre et exigé dans un communiqué "l'ouverture d'une enquête afin de clarifier les circonstances exactes de la mort".
RSF a demandé aux autorités de "faire toute la lumière sur cette affaire, d'autant que Jan Kuciak et ses proches avaient fait l'objet de menaces ces derniers mois".
La Slovaquie se situe aujourd'hui à la 17e place du Classement mondial 2017 de la liberté de RSF, ayant perdu cinq places par rapport à l'année précédente.
Selon RSF, il s'agit du cinquième meurtre d'un journaliste dans l'UE au cours de la décennie passée.
Jan Kuciak s'était spécialisé dans les enquêtes portant sur des affaires d'évasion fiscale et de fraude à grande échelle, parmi de hauts fonctionnaires et d'importants hommes d'affaires.
La dernière publication de Jan Kuciak portait sur l'entrepreneur Marian Kocner et ses activités dans le secteur immobilier.
L'année dernière, l'Agence criminelle nationale (NAKA) avait classé l'enquête sur une fraude fiscale présumée impliquant M. Kocner, soupçonné d'avoir demandé des remboursements fiscaux de 8,19 millions d'euros.
Connu pour avoir insulté et menacé des journalistes, M. Kocner avait prévenu l'année dernière qu'il allait lancer un site publiant des informations sur les vies privées de journalistes, selon le quotidien SME.
Il aurait menacé d'exposer "toute saleté" qu'il trouverait sur Jan Kuciak et sa famille, avait indiqué en septembre 2017 Peter Bardy, le rédacteur en chef du site pour lequel travaillait le journaliste assassiné.
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