"Le décompte est plus que clair et indiscutable, nous avons gagné cette élection", a déclaré M. Hernandez devant les militants du Partido Nacional (PN, droite).
Peu après, un de ses principaux opposants, Salvador Nasralla, 64 ans et candidat de l'Alliance de l'opposition contre la Dictature, une coalition de partis de gauche, a lui aussi affirmé être en tête.
La décision de la Cour constitutionnelle d'autoriser la candidature de l'actuel président, M. Hernandez, alors que la Constitution interdit toute réélection, est dénoncée par l'opposition.
Arrivé au pouvoir en 2013 après une élection contestée par la gauche, Juan Orlando Hernandez, 49 ans, figure parmi les trois candidats, sur neuf, qui ont une chance de l'emporter lors de ce scrutin à un seul tour, selon les derniers sondages.
Outre M. Nasralla, journaliste de télévision et novice en politique, Luis Zelaya, 50 ans, du Partido Liberal (PL), l'autre formation de droite du pays, figure aussi dans le trio de tête.
MM. Nasralla et Zelaya ont averti qu'ils ne reconnaîtraient pas une réélection du président Hernandez.
"Nous avons constaté un processus (électoral) tranquille, l'évaluation que nous faisons jusqu'à présent est positive", a déclaré à des journalistes l'eurodéputée portugaise Marisa Matias, responsable de la mission des observateurs de l'Union européenne (UE).
Le Tribunal suprême électoral (TSE), critiqué sur les réseaux sociaux pour son retard dans l'annonce des résultats officiels, assure que ces élections sont "les plus scrutées de l'histoire", avec la présence de 16.000 observateurs, dont 600 venus de l'Union européenne (UE) et d'autres venus notamment de l'Organisation des Etats américains (OEA).
Pour l'heure, aucun incident n'a été relevé. Le gouvernement avait déployé plus de 35.000 policiers et soldats dans tout le pays afin de garantir la sécurité du vote, a indiqué le ministre de la Sécurité, Julian Pacheco.
'Réélection illégale'
Dans ce petit pays situé au coeur du "triangle de la mort" de l'Amérique centrale, miné par les gangs et la pauvreté et affichant un des plus forts taux d'homicide au monde, ces tensions risquent de rouvrir les blessures laissées par le coup d'Etat de 2009. Le président Manuel Zelaya avait alors été chassé du pouvoir par l'armée, soutenue par la droite et par le monde des affaires.
A la première heure dimanche matin, le chef de l'Etat a voté dans sa ville natale de Gracias (ouest), accompagné de sa fille et de députés du parti au pouvoir, le Partido Nacional (PN, droite).
"Quatre années de plus !", reprenaient en choeur ses partisans qui l'entouraient lors du vote.
Le candidat libéral, M. Zelaya, a voté dans la ville de Santa Lucia, près de la capitale Tegucigalpa, où il a déclaré qu'il s'agissait d'un "processus atypique avec une réélection illégale".
M. Nasralla a visité plusieurs bureaux de vote de la capitale, et a appelé à rester vigilant sur de possibles irrégularités et à les dénoncer aux observateurs internationaux.
Dans le quartier de Nueva Suyapa à Tegucigalpa, José Cerrato, maçon de 69 ans, s'apprêtait à voter Hernandez dans l'école transformée en bureau de vote.
"Je suis conscient de tout ce qu'a fait le gouvernement. La délinquance est un grand danger ici, tu sors de chez toi et tu ne sais pas si tu vas revenir. Mais avant c'était encore plus dangereux", a-t-il dit à l'AFP.
Dans la même école, l'activiste et opposante de gauche Yamileth Gonzalez, candidate suppléante, dénonce le parti au pouvoir, qui a offert selon elle de la nourriture et de l'argent pour acheter des votes pour le président.
L'analyste politique Victor Meza, du Centre de documentation du Honduras, juge qu'"il y a un climat de crispation". "Pour la première fois, ce n'est pas une lutte entre conservateurs et libéraux, mais entre une dictature et la démocratie".
"La démocratie est en danger depuis que l'autoritarisme présidentiel a commencé à se renforcer", a-t-il ajouté.
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