La cérémonie s'est déroulée dans le grand sanctuaire chrétien de Mosta, non loin du domicile et de l'endroit même où la journaliste, âgée de 53 ans, a trouvé la mort dans l'explosion de sa voiture piégée.
Cet attentat, quasi inédit dans un pays de l'Union européenne, a profondément choqué en Europe et au-delà.
"Aujourd'hui, le monde est en deuil de Daphne Caruana Galizia", a affirmé vendredi la Commission européenne, qui a mis en berne le drapeau européen à son siège à Bruxelles et à travers le monde.
Une messe a été dite par l'archevêque de Malte, Mgr Charles Scicluna, lors de cette cérémonie interdite à la presse.
"Nous sommes ici pour prier pour Daphne, victime de la violence meurtrière qui a ôté la vie à une femme, une mère, une journaliste", a déclaré Mgr Scicluna dans son homélie.
Une fois la cérémonie achevée, l'assistance a longuement applaudi le cercueil à sa sortie de l'église, y jetant des fleurs et criant "Merci Daphne" et "Nous voulons justice", avant l'enterrement dans la crypte familiale.
La famille de la journaliste avait souhaité que ses funérailles conservent un caractère privé.
Le gouvernement maltais a toutefois décidé de faire de vendredi une journée nationale de deuil, affirmant qu'"aucune attaque à l'encontre de la liberté d'expression n'est admise dans la démocratie maltaise".
Comme à Bruxelles, les drapeaux étaient en berne partout dans l'île, le plus petit Etat de l'Union européenne avec 430.000 habitants.
Peu de personnalités ont assisté à ces funérailles, à l'exception du président du Parlement européen Antonio Tajani.
'En première ligne'
Daphne Caruana Galizia "était une sentinelle, un soldat en première ligne dans la défense de nos valeurs", a affirmé M. Tajani. La Commission européenne a réitéré de son côté vendredi sa demande d'une enquête "indépendante et approfondie" et l'arrestation des coupables.
La presse internationale s'est également mobilisée. Plusieurs patrons de presse ont envoyé jeudi une lettre commune au vice-président de la Commission européenne Franz Timmermans, lui demandant d'utiliser ses pouvoirs pour que justice soit faite et la liberté de la presse préservée à Malte.
"Il ne faut pas laisser les assassins de Daphne parvenir à étouffer son enquête sur la corruption au sein des plus hautes sphères à Malte", écrivent ainsi les directeurs du Guardian, du Monde, du Financial Times, d'El Pais, de La Repubblica, du Süddeutsche Zeitung, du New York Times et de la BBC.
"Nous insistons pour que les autorités maltaises mettent tout en oeuvre pour s'assurer que cet assassinat atroce, barbare, n'aboutisse pas à la situation à laquelle les auteurs veulent apparemment parvenir: que personne n'ose poser les questions pertinentes et qu'aucun journaliste n'ose enquêter sur les puissances en présence", a assuré M. Timmermans, selon un extrait de sa réponse aux huit médias.
Aucun suspect n'a toutefois été identifié jusqu'à présent par les enquêteurs maltais, aidés par des experts étrangers.
Le gouvernement a promis un million d'euros de récompense pour toute information permettant de mener aux auteurs et aux commanditaires du meurtre.
Mais à Malte, beaucoup ne font pas confiance aux responsables judiciaires et policiers, dont plusieurs avaient été visés par les attaques de la blogueuse.
Daphne Caruana Galizia avait révélé certains des pans les plus sombres de la politique maltaise, s'en prenant avec virulence au Premier ministre travailliste Joseph Muscat, et plus récemment aussi au chef de l'opposition.
Après sa mort, ses fils ont réclamé la démission de M. Muscat, l'accusant d'avoir créé une culture d'impunité ayant transformé Malte en "île mafia".
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