Vettel, qui compte 34 points de retard au classement, a réalisé le 3e temps des qualifications derrière la Mercedes de Valtteri Bottas, mais profite de la pénalité de 5 places infligée au Finlandais, pour se hisser en première ligne.
Le quadruple champion du monde tentera-t-il une manoeuvre agressive dès le premier freinage ?
Rien n'est moins sûr, car le pilote Ferrari est un peu échaudé après son abandon au GP de Singapour, lorsqu'il avait fermé la porte à Verstappen et provoqué un triple abandon avec celui de Räikkönen.
A l'issue de la Q3, les deux hommes affichaient en tout cas un visage satisfait.
Il s'agit de la première pole-position obtenue à Suzuka par Lewis Hamilton, sa 10e cette saison, la 71e de sa carrière. Le triple champion du monde en a profité pour battre largement le record du circuit détenu par Michael Schumacher depuis 2006, l'améliorant de plus d'une seconde et demie.
"Cela a vraiment été une super séance, chaque tour était fantastique", a commenté Hamilton, qui a devancé Vettel avec une marge confortable de 472/1000.
Les Red Bull en arbitres
Le Britannique a lâché les chevaux dès la Q2, sans doute en utilisant le bouton magique que jalouse ouvertement Renault et qui permet au moteur Mercedes de se débrider en qualifications.
"Je n'ai jamais été dans cette position ici, mais les Ferrari seront rapides demain (dimanche), et il faudra que nous soyons bons", s'est méfié Hamilton, qui reste sur trois podiums au Japon.
"J'ai tout tenté dans le dernier tour car je savais que je devais prendre des risques, mais cela n'a pas marché", a souligné Vettel.
"C'est assez incroyable de conduire les nouvelles voitures (de cette saison) sur ce circuit", a-t-il confié.
Hamilton s'est imposé à deux reprises à Suzuka, en 2014 et 2015, contre quatre fois pour Vettel (2009, 2010, 2012 et 2013).
L'autre Ferrari de Kimi Räikkönen ayant également été pénalisée de 5 places sur la grille pour un changement de boîte de vitesse, cela laisse les Red Bull de Max Verstappen, vainqueur il y a une semaine à Sepang, et Daniel Ricciardo en arbitres de leur duel.
Il n'est pas garanti qu'elles soient aussi à l'aise qu'en Malaisie, la vitesse moyenne bien plus élevée sur le circuit de Suzuka favorisant en toute logique les Flèches d'argent.
Plein soleil levant
Vettel peut, lui, compter sur la plus grande expertise cette saison de son équipe concernant la mise en température idéale des gommes, qui a plusieurs fois fait défaut à Mercedes.
Quant au Français Esteban Ocon profite des pénalités infligées à Bottas et Räikkönen pour hisser sa Force India en 5e position sur la grille, juste devant son équipier mexicain Sergio Perez.
La FIA a par ailleurs rappelé samedi aux écuries qu'elle interdisait tout assèchement des emplacements sur la grille en cas de piste humide.
La polémique était née après la course en Malaisie où certaines équipes avaient ignoré ce point du réglement, sans conséquence pour elles.
Le cas ne devrait pas se reproduire dimanche puisqu'un grand soleil est attendu, contrairement à ce qu'a offert la météo grisâtre de ce week-end nippon jusqu'à présent.
Le tracé n'en demeurera pas moins très exigeant, comme l'ont montré samedi les sorties de piste de Bottas, Räikkönen et Romain Grosjean.
Le Français de Haas a encastré sa monoplace dans un mur de pneus lors de la première partie des qualifications.
Si le pilote est sorti indemne de cet accident, sa monoplace était dans un piteux état, avec beaucoup de réparations en vue avant le départ pour les mécaniciens de son écurie américaine.
Grosjean s'élancera en 13e position juste devant le troisième pilote tricolore du plateau, Pierre Gasly (Toro Rosso).
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