Les derniers sondages prédisent la victoire à M. Muscat, 43 ans, chef du Parti travailliste, mais avec une majorité réduite par rapport au Parlement sortant, élue il y a quatre ans.
Ces sondages indiquent aussi une forte proportion d'électeurs indécis, entre 20 et 30% des 341.856 inscrits, qui pourraient faire la différence samedi.
Simon Busuttil, leader du Parti nationaliste (conservateur), veut donc encore y croire et mise sur l'attrait pour le changement après quatre ans de gestion travailliste, ternis par un scandale de corruption autour des "Panama Papers".
Joseph Muscat a convoqué les électeurs maltais, un an avant la fin de la législature, dans l'espoir de retrouver une légitimité après que sa femme Michelle a été accusée d'avoir ouvert un compte au Panama pour y abriter des pots-de-vin en provenance de l'Azerbaïdjan.
Le directeur de cabinet de M. Muscat et l'un de ses ministres ont reconnu avoir ouvert des comptes similaires, ce que Michelle Muscat a nié, après les révélations contenues dans les milliers de documents émanant du cabinet panaméen d'avocats d'affaires Mossack Fonseca.
M. Muscat a été mis en cause pour avoir peu réagi en n'obligeant pas notamment ses deux proches à démissionner.
Pots-de-vin
Tous ont été accusés d'avoir aussi ouvert des comptes secrets au Panama. Des soupçons de versement de pots-de-vin pour faciliter l'octroi d'une licence maltaise au bénéfice d'une banque azerbaïdjanaise et aussi dans le cadre d'un marché de fourniture de gaz avec la Chine, ont également émergé.
Peu avant les élections, le Premier ministre maltais a demandé à la justice de son pays, qui préside actuellement l'Union européenne, de faire la lumière sur cette affaire, promettant de démissionner si preuve été faite qu'il avait lui aussi ouvert un compte secret.
"Cela aurait été pour moi la chose la plus facile du monde d'attendre que la tempête se calme en restant au pouvoir, tout en attendant que l'enquête de la justice me blanchisse avant de convoquer des élections", a-t-il déclaré.
"Cependant, au cours de ces derniers mois, l'économie en aurait souffert et des emplois auraient été perdus", a-t-il ajouté pour sa défense.
Les bureaux de vote ouvrent leurs portes à 07h00 heure locale (05h00 GMT). La participation dépasse en général les 90% à Malte, petit archipel au milieu de la Méditerranée dont la population ne dépasse pas les 430.000 habitants. Faute de sondages à la sortie des bureaux de vote, les résultats ne sont pas attendus avant dimanche en milieu de journée.
Le bipartisme à Malte est souvent de caractère presque tribal, les électeurs restant attachés à leur parti contre vents et marées, expliquent les spécialistes.
"Je suis au Labour (parti travailliste) depuis que je suis né, et je serai au Labour jusqu'à ma mort", a ainsi déclaré Frank Abela, sur le point de prendre sa retraite après une carrière dans l'industrie pétrolière.
Ce qui ne l'empêche tout de même pas de s'intéresser aux accusations de corruption.
"Une accusation est une chose, une enquête en est une autre et être reconnu coupable ou innocent est ce qui compte en définitive. Je suis à 100% convaincu que Muscat est +clean+. En ce qui concerne les autres, on saura en temps voulu", explique-t-il.
Louis Attard, retraité, et Marie Claire Finger, étudiante, voient les choses d'un autre oeil.
Malte connaît une croissance trois fois supérieure à celle de la zone euro, que ce pays a rejoint en 2008. Mais pour M. Attard, M. Muscat "n'y est pour rien".
Et pour la jeune étudiante maltaise, le Premier ministre aurait dû écarter les responsables les plus compromis.
"Personnellement, je trouve assez embarrassant de dire que je viens d'un pays où se produisent toutes ces choses en ce moment", a-t-elle déclaré à l'AFPTV, espérant un changement.
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