Ces violences ont amené le président philippin Rodrigo Duterte à décréter mardi la loi martiale à Mindanao, deuxième plus grande île de l'archipel.
Les autorités ont annoncé que les activistes islamistes avaient tué 19 civils à Marawi, ville à majorité musulmane de 200.000 habitants dans le nord-ouest de Mindanao. Parmi eux, trois femmes et un enfant retrouvés morts dans une université.
"Ce sont des civils, des femmes. Ces terroristes sont contre le peuple. Nous avons découvert les corps en menant une opération de recherches" samedi, a déclaré à l'AFP le colonel Jo-ar Herrera, porte-parole régional de l'armée.
Un photographe de l'AFP a par ailleurs rapporté avoir vu dimanche huit corps sur une route dans les faubourgs de Marawi, des habitants les identifiant comme des employés d'une rizerie et d'une école de médecine.
M. Herrera a précisé que l'armée enquêtait sur ces décès.
Les combats de Marawi ont éclaté après un raid des forces de sécurité contre une cache supposée d'Isnilon Hapilon, considéré comme le chef de l'EI aux Philippines.
Les Etats-Unis ont mis sa tête à prix pour cinq millions de dollars. C'est également un des dirigeants d'Abou Sayyaf, groupe islamiste spécialisé dans les enlèvements crapuleux.
Mais les forces de sécurité ont essuyé un échec retentissant. Des dizaines de combattants sont accourus pour les repousser, avant de partir saccager la ville en brandissant des drapeaux noirs de l'EI.
Ils ont également pris un prêtre et 14 personnes en otage dans une église et mis le feu à des bâtiments.
Outre les 19 civils, 13 militaires, deux policiers et 51 activistes islamistes ont péri dans les combats, au cours desquels l'armée a effectué des bombardements sur des zones résidentielles où elle pensait que les combattants étaient retranchés.
La plupart des habitants de la ville ont fui.
"Nous voulons éviter les dommages collatéraux, mais ces rebelles nous forcent la main en se retranchant dans des maisons privées, des bâtiments publics et autres installations", a déclaré le porte-parole de l'armée, Restituto Padilla.
"Leur refus de se rendre fait que toute la ville est captive. Il est donc de plus en plus nécessaire d'utiliser des frappes aériennes chirurgicales pour nettoyer la ville et mettre au plus vite un terme à cette rébellion".
M. Duterte et les chefs de l'armée ont affirmé que la plupart des combattants islamistes appartenaient au groupe Maute qui a prêté serment à l'EI. Mais le président a aussi accusé des criminels locaux de soutenir le groupe Maute à Marawi.
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