Selon un dernier bilan de la ministre de la Santé Veronika Skvortsova, 14 personnes ont péri dans l'explosion et 49 ont été blessées dans l'ancienne capitale impériale qui est en deuil pour trois jours.
Les enquêteurs du Comité d'enquête, des services secrets et du ministère de l'Intérieur "ont établi que la bombe artisanale a pu être actionnée par un homme dont des restes ont été retrouvés dans le troisième wagon de la rame", a indiqué mardi le comité, dans un communiqué.
Le comité ne précise pas si le kamikaze fait partie des morts décomptés.
Auparavant, les services secrets (GKNB) du Kirghizstan, ex-république soviétique d'Asie centrale, avaient déclaré à l'AFP que l'attentat de Saint-Pétersbourg avait été commis par Akbarjon Djalilov, un homme né en 1995 dans la région kirghize d'Och.
Quelques 600 kirghiz, venant notamment de cette région, ont rejoint les groupes jihadistes en Irak et en Syrie, principalement l'organisation Etat islamique (EI).
"Il est probable qu'il a acquis la nationalité russe", a précisé à l'AFP Rakhat Saoulaïmanov, porte-parole du GKNB, en contact "étroit" avec leurs homologues des services de renseignement russes du FSB, qui n'ont pas confirmé leurs informations.
L'attentat, qui n'a pas été revendiqué, intervient alors que le groupe EI a appelé à frapper la Russie après son intervention en soutien aux forces de Bachar al-Assad en Syrie, fin septembre 2015.
Il s'agit d'un "défi lancé à tous les Russes, y compris au chef de l'Etat, y compris à notre président" Vladimir Poutine, a réagi le porte-parole du Kremlin, Dmitri Peskov.
Mardi, après une nuit de choc et de recueillement, le quartier de l'attentat a retrouvé un semblant de vie. Trois jours de deuil ont été décrétés dans l'ancienne capitale impériale.
"Bien sûr, tous le monde dans le métro ne pense qu'à ça. Ce n'est pas agréable, mais j'ai surtout peur pour mes enfants, lorsqu'ils le prennent tous seuls", raconte Svetlana Goloubeva, 45 ans, avant d'entrer dans le métro où la présence policière a été considérablement renforcée, tout comme dans celui de Moscou.
Selon le FSB, l'explosion a eu lieu en début d'après-midi dans une rame circulant entre deux stations d'une ligne fréquentée qui traverse le centre-ville.
Les victimes viennent de Russie, mais aussi du Bélarus, Kazakhstan et d'Ouzbékistan, selon les autorités locales.
En amenant à quai le train après l'explosion qui s'est produite dans le tunnel, son conducteur a sauvé "de nombreuses vies", selon sa hiérarchie. "J'ai suivi les instructions", a-t-il simplement affirmé.
Les images diffusées sur les réseaux sociaux et par les télévisions russes montraient une rame de métro soufflée et des voyageurs tentant de sortir les victimes des décombres.
Peu après, une bombe artisanale avait été "découverte et désamorcée à temps" dans une autre station du centre-ville, Plochtchad Vosstaniïa.
- 'Absolument horrible' -
Le président Vladimir Poutine a déposé dans la soirée un bouquet de fleurs rouges devant la station où s'est immobilisée la rame visée.
Le pays n'avait pas été aussi durement touché depuis l'explosion en plein vol le 31 octobre 2015 d'un avion reliant l'Egypte à la Russie avec 224 personnes à bord, un attentat revendiqué par l'organisation Etat islamique.
Depuis, plusieurs attaques ont touché les instables républiques russes du Caucase et les services de sécurité russes ont annoncé à plusieurs reprises avoir démantelé des cellules jihadistes s'apprêtant à frapper Moscou et Saint-Pétersbourg.
Pour la presse russe, l'attentat de Saint-Pétersbourg est un acte de représailles de l'EI, en réponse à l'intervention de l'armée russe en Syrie. Le but recherché est de "modifier le regard de l'opinion publique sur la campagne syrienne", estime le quotidien Nezavissimaïa Gazeta.
Les autorités ont annoncé le renforcement des mesures de sécurité dans le métro de Moscou et les aéroports.
L'Union européenne et les Etats-Unis ont de concert exprimé leur solidarité avec le peuple russe, le Conseil de sécurité des Nations unies condamnant fermement un "attentat terroriste barbare et lâche".
Le président américain Donald Trump a dénoncé un attentat "absolument horrible". Lors d'un entretien téléphonique avec M. Poutine, il lui a ensuite assuré du "soutien total" de Washington à la réponse qu'apportera Moscou à cette attaque, selon un communiqué de la Maison Blanche. Ils "ont convenu que le terrorisme devait être définitivement et rapidement vaincu", affirme le communiqué.
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