Federer, déjà vainqueur de l'épreuve en 2005 et 2006, a ajouté à 35 ans un 91e titre à son palmarès, son troisième de l'année après l'Open d'Australie en janvier et le Masters 1000 d'Indian Wells en mars.
Grâce à cette victoire, il va passer de la 6e à la 4e place au classement ATP lundi, confirmant avec éclat son retour au premier plan après une saison 2016 écourtée en raison de blessures à un genou et au dos.
L'ancien N.1 mondial a battu Nadal pour la troisième fois cette saison et pour la quatrième fois de suite - une première dans leur longue rivalité remontant à 2004.
Alors qu'il avait été outrageusement dominé en 8e de finale à Indian Wells (6-2, 6-3) deux semaines plus tôt, l'Espagnol, 7e mondial, a cette fois vendu chèrement sa peau.
Il s'est offert dès le premier jeu deux balles de break sur le service de Federer.
Le nonuple vainqueur de Roland Garros a encore disposé aux 5e et 7e jeux d'une balle de break, mais Federer s'est sorti aisément d'affaires.
Très agressif et efficace en coup droit, il a fait la différence à sa sixième balle de break pour mener 5-3 et a empoché la première manche après 48 minutes de jeu sur un service gagnant.
Nadal perd sa 5e finale
Dans la deuxième manche, les deux joueurs ont facilement remporté leurs jeux de service jusqu'à 3-3 où Federer s'est offert deux balles de break, mais Nadal a écarté la danger avec deux premières balles et a conservé sa mise en jeu.
A nouveau sous pression sur son service à 4-3, Nadal qui disputait sa cinquième finale à Miami où il n'a jamais été sacré, n'a cette fois pas trouvé la solution, commettant deux fautes directes.
Dans le jeu suivant, dès sa première balle de match, Federer a concrétisé son impressionnante domination avec un énième service gagnant.
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