Parmi les prisonniers figuraient des soldats de l'armée gouvernementale soudanaise et des civils. Ils avaient été capturés par la branche Nord du Mouvement populaire de libération du Soudan (SPLM-N), lors de combats dans les Etats soudanais du Kordofan-Sud (sud) et du Nil Bleu (sud-est), certains il y a sept ans et demi.
Depuis jeudi, 125 prisonniers ont été transférés de deux sites situés dans le nord du Soudan du Sud vers Kampala. Ils ont pris dimanche un avion pour Khartoum, depuis l'aéroport de la capitale ougandaise, à Entebbe, selon un journaliste de l'AFP.
Le Comité international de la Croix-Rouge "a facilité la libération et le rapatriement" de ces 125 personnes, a indiqué l'organisation dans un communiqué. L'opération, qui a duré "quatre jours", "fait suite à une demande des autorités de Kampala, de Khartoum et de Juba et du SPLM-N", a précisé le CICR.
Le CICR souligne également avoir interrogé "tous les détenus pour s'assurer qu'ils voulaient retourner à Khartoum" et des contrôles médicaux ont été effectués pour s'assurer qu'ils étaient en état de voyager.
L'armée soudanaise avait salué dimanche de son côté la libération d'un groupe de prisonniers, évoquant le chiffre de 127.
Le secrétaire général du SPLM-N, Yasir Arman, a indiqué à l'AFP dans un entretien téléphonique que la libération des prisonniers était un geste humanitaire pour "amener du bonheur à leurs familles".
Les négociations ayant mené à leur libération ont été menées sous l'égide de l'Ouganda. Elles ont donné lieu à des discussions directes entre le président ougandais Yoweri Museveni et son homologue soudanais Omar el-Béchir.
Lors d'une conférence de presse, un haut responsable du ministère soudanais des Affaires étrangères, Mohamed Saied Hassan, a remercié l'Ouganda pour son rôle dans ces négociations. Il estime que cela "ouvre la voie à plus de coopération entre nos deux pays".
Le plus ancien des prisonniers avait été capturé en juin 2009 et le plus récent il y a six mois.
Parlant à l'AFP sur la piste de l'aéroport d'Entebbe, juste avant de prendre l'avion pour Khartoum, le plus haut gradé parmi les prisonniers, le colonel Lirifat Abdala Ahmed, a expliqué avoir été bien traité depuis sa capture en mai 2013.
"Il n'y a pas eu de mauvais traitements, ni de mauvais comportements", a-t-il affirmé. "J'ai servi pendant 25 ans dans l'armée soudanaise et maintenant je veux rentrer chez moi pour me reposer."
Les Etats du Kordofan-Sud et du Nil Bleu sont, comme celui du Darfour (ouest), en proie depuis 2011 à des conflits entre le gouvernement et des rebelles qui s'estiment politiquement et économiquement marginalisés.
Des dizaines de milliers de personnes ont été tuées et des millions déplacées dans ces régions où des groupes ethniques minoritaires se sont soulevés contre un régime dominé par les Arabes.
Khartoum avait unilatéralement prolongé de six mois en janvier un cessez-le-feu en vigueur depuis juin dans ces trois Etats, mais des combats ont repris fin février au Kordofan-Sud.
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