Apple avait déjà fait connaître son intention de faire appel dès la publication de la décision le 30 août.
"Apple est le plus grand contribuable dans le monde, aux Etats-Unis et en Irlande avec un taux d'imposition global d'environ 26%", souligne l'entreprise de Cupertino dans un communiqué.
"Comme nos produits et services sont créés et conçus aux Etats-Unis, c'est là où nous payons le plus d'impôts", est-il ajouté.
Selon Apple, la Commission européenne a "entrepris une action unilatérale et changé les règles de manière rétroactive, au mépris de décennies de droit fiscal irlandais, de droit fiscal américain, et du consensus mondial en matière de politique fiscale".
L'Irlande, qui a fait appel le 10 novembre, a pour sa part reproché lundi à la Commission de violer sa souveraineté en matière fiscale.
"La Commission a outrepassé ses pouvoirs et violé la souveraineté" de l'Irlande concernant l'impôt sur les sociétés, a estimé le ministère irlandais des Finances dans un texte de présentation de ses arguments dans cette affaire.
"La Commission n'a pas la compétence, selon les règles en matière d'aide publique, à substituer unilatéralement son propre point de vue concernant l'étendue géographique de la politique fiscale d'un Etat membre à celui de l'Etat membre lui-même", souligne le texte.
Le pays dispose d'un taux d'impôt sur les sociétés particulièrement bas, à 12,5%.
Enquête publiée
Selon le ministère des Finances, la Commission a estimé à tort qu'Apple avait bénéficié d'avantages fiscaux.
"La Commission tente de réécrire la législation irlandaise concernant l'impôt sur les sociétés", a déploré le ministère, affirmant en outre que l'enquête de l'exécutif européen, qui avait été lancée en 2014, avait été marquée par des erreurs de procédure.
L'UE "défendra sa position devant la cour", a répondu lundi un porte-parole de la Commission, qui a publié lundi l'enquête détaillée l'ayant amenée à imposer à Apple le remboursement 13 milliards d'euros.
Dans ce document de 130 pages, la Commission détaille le montage financier qui à selon elle permis à Apple d'échapper en grande partie à l'impôt sur ses bénéfices en Europe, en Afrique, au Moyen-Orient et en Inde.
Sa technique: enregistrer en Irlande l'ensemble des bénéfices réalisés sur ces territoires, puis s'arranger avec Dublin pour ne soumettre à l'impôt qu'une infime partie de ce montant via un accord (ou "rescrit") fiscal.
L'écrasante majorité des bénéfices était, selon la Commission, placée dans un "siège" situé hors du pays, une sorte de siège fantôme sur lequel l'Etat irlandais se refusait à avoir un droit de regard.
Grâce à ce montage, "le taux effectif d'imposition d'Apple" est tombé jusqu'à 0,005% en 2014, "ce qui signifie moins de 50 euros d'impôt pour chaque million d'euros de bénéfices", avait souligné le 30 août, jour de la décision, la commissaire européenne à la Concurrence, Margrethe Vestager.
Les 13 milliards d'euros à rembourser, considérés comme des aides d'Etat, concernent la période 2003-2014, l'accord passé par Apple avec Dublin ne s'appliquant plus depuis 2015.
"C'est de la foutaise politique", avait réagi le patron d'Apple, Tim Cook.
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