Conformément à la procédure, Pretoria "a annoncé par écrit au secrétaire général de l'ONU son retrait" de la CPI, a déclaré le ministre sud-africain de la Justice, Michael Masutha.
Cette décision prendra effet dans un an "à compter de la date de réception" de la lettre adressée mercredi aux Nations unies, a précisé M. Masutha lors d'une conférence de presse.
Entré en fonction depuis 2003, la CPI est le premier tribunal international permanent chargé de poursuivre les auteurs présumés de génocides, crimes contre l'humanité et crimes de guerre.
Neuf des dix enquêtes lancées par les magistrats de La Haye visent actuellement des pays africains. L'Union africaine (UA) a vivement dénoncé cette priorité, la qualifiant de "sorte de chasse raciale".
L'Afrique du Sud menaçait depuis plus d'un an de dénoncer le traité de Rome instituant la CPI. Elle pourrait devenir le tout premier pays au monde à la quitter.
En 2015, elle s'était retrouvée au coeur d'une vive polémique à l'occasion de la visite à Johannesburg d'Omar el-Béchir pour un sommet de l'Union africaine (UA).
Les autorités sud-africaines avaient alors refusé d'arrêter le chef de l'Etat soudanais, recherché pour génocide, crimes contre l'humanité et crimes de guerre au Darfour, une région de l'ouest du Soudan en proie à une guerre civile depuis plus de dix ans.
L'Afrique du Sud s'était défendue en expliquant que M. Béchir bénéficiait, de part sa fonction, d'une immunité.
C'est précisément cette affaire qui a justifié la décision de Pretoria de se retirer de la CPI.
"L'application du Statut de Rome est en conflit et en contradiction avec la loi sur l'immunité diplomatique" sud-africaine de 2001, a expliqué vendredi le ministre de la Justice.
- 'Mépris' pour la justice -
Cette annonce a suscité l'indignation immédiate des défenseurs des droits de l'Homme.
Elle "démontre un mépris surprenant pour la justice de la part d'un pays longtemps vu comme un leader mondial en matière de justice pour les victimes des crimes les plus graves", a réagi Human Rights Watch (HRW) dans un communiqué.
"Il est important à la fois pour l'Afrique du Sud et la région de ralentir ce train incontrôlable et de restaurer l'héritage chèrement acquis par l'Afrique du Sud de prendre le parti des victimes des atrocités de masse", a ajouté l'ONG.
Le principal parti d'opposition sud-africain, l'Alliance démocratique (DA), a dénoncé une décision "anticonstitutionnelle et irrationnelle", dans la mesure où le Parlement n'a pas été consulté sur le sujet, et décidé de saisir la justice pour obtenir son annulation.
Le refus du gouvernement d'arrêter M. el-Béchir a déjà fait l'objet d'une plainte devant la justice sud-africaine.
En mars, la Cour suprême d'appel avait estimé que cette décision était "illégale" et accusé les autorités de "conduite scandaleuse". Ce jugement devait être examiné le mois prochain par la Cour constitutionnelle mais la décision annoncée vendredi par le gouvernement devrait mettre un terme à cette procédure.
L'annonce de l'Afrique du Sud représente un énorme revers pour la CPI, le deuxième en quelques jours.
Mardi, le président burundais Pierre Nkurunziza avait promulgué la loi prévoyant que son pays se retire de la CPI.
Il ne reste désormais plus au Burundi qu'à en notifier l'ONU pour lancer formellement le procédure de retrait.
Le pouvoir burundais voit dans la CPI un "moyen politique" utilisé par la communauté internationale pour "opprimer les pays africains", se faisant l'écho de critiques récurrentes de dirigeants sur le continent.
Le Burundi a plongé dans une grave crise depuis que Nkurunziza a annoncé en avril 2015 sa candidature à un troisième mandat, avant d'être réélu trois mois plus tard. Les violences y ont fait plus de 500 morts et poussé plus de 270.000 personnes à l'exil.
La Cour n'a pas immédiatement réagi à l'annonce de Pretoria.
La semaine dernière, le président de l’Assemblée des Etats parties au Statut de Rome de la CPI, Sidiki Kaba, avait expliqué que "le retrait d’un État partie constituerait un recul dans la lutte contre l’impunité et la marche résolue vers l’universalité du Statut".
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