Ce lieu sacré pour les Birmans est situé à 30 kilomètres de l'épicentre du séisme de magnitude 6,8 qui a touché mercredi le pays d'Asie du Sud-Est.
Le bilan est de trois morts. Dans la région, trois écoles et un hôpital ont également été endommagés.
Bagan, que la Birmanie espère faire classer au patrimoine mondial de l'Unesco, compte plus de 2.500 pagodes et monuments bouddhistes construits entre le Xe et XIVe siècle.
Jeudi, les 185 pagodes ou monuments bouddhistes endommagés lors du tremblement de terre étaient interdits d'accès aux visiteurs, ont constaté des journalistes de l'AFP.
Le site est l'un des plus touristiques du pays, fréquenté aussi bien par les Birmans que par les étrangers, de plus en plus nombreux dans ce pays sorti récemment de décennies de dictature militaire.
Le président birman était attendu à Bagan dans la journée.
Dans cette plaine verdoyante du centre de la Birmanie, où pointent au milieu des arbres les dômes de milliers de pagodes, les militaires avançaient jeudi pieds nus - comme le veut la coutume dans les temples bouddhistes - pour ramasser et balayer les débris autour des monuments.
Mercredi, à l'heure du séisme, de nombreux touristes étaient présents dans les temples et une Espagnole a été légèrement blessée.
"J'ai eu très peur. Quelqu'un a hurlé que c'était un tremblement de terre, je ne savais pas si je devais me mettre au sol", raconte Phyu Phyu Lwin, une touriste birmane présente sur les lieux mercredi. "On nous a dit de sortir donc j'ai attrapé mon sac et je suis partie en courant".
Khin Maung Toe était lui aussi en train de prier quand la terre a tremblé: "Ma femme est parvenue à fuir in extremis avant qu'une partie de la pagode s'effondre".
- 'Sérieusement endommagés' -
A son apogée, Bagan était la capitale d'un royaume puissant et l'un des principaux centres culturels d'Asie.
"Nous devons d'abord mesurer l'ampleur des dégâts. Avant d'établir un plan de rénovation", a expliqué à l'AFP Arkar Kyaw, directeur adjoint du ministère de la Culture. Le gouvernement travaille en coordination avec l'Unesco qui a déjà déployé des experts sur place.
"Il semble que certains monuments soient sérieusement endommagés", a-t-il ajouté, précisant qu'il faudrait du temps pour avoir un tableau complet des destructions.
"Nous demandons à ce que personne ne touche aux débris, qui doivent être utilisés pour la reconstruction", a-t-il ajouté.
Déjà touchés par un séisme en 1975, les temples de Bagan ont subi des travaux de restauration très controversés à l'époque de la junte militaire.
Depuis 2011 et l'autodissolution de la junte, la Birmanie est en pleine reconstruction. Et depuis quelques mois, le gouvernement est dirigé par la Prix Nobel de la Paix Aung San Suu Kyi, dont le parti a remporté haut la main les législatives de fin 2015.
Alors que Bagan est devenu un site touristique majeur, les autorités travaillent avec l'Unesco pour le faire classer.
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