En cause, certains complexes, pensions et auberges de jeunesse qui déversent dans la mer leurs eaux usées, faute d'infrastructure de traitement.
Le problème est tel que le ministre du Tourisme lui-même confie qu'il ne va plus nager dans les eaux proches de Colombo: trop sales.
Plus de deux millions de touristes visitent chaque année cette île de l'océan Indien, soit quatre fois plus qu'en 2009, année de la fin de la guerre civile.
Mais le Sri Lanka est victime de son succès.
Le boum touristique s'est traduit par une multiplication des hôtels, dans un développement rapide, non contrôlé, souvent au détriment des infrastructures de traitement des eaux usées.
C'est à Mount Lavinia, une station balnéaire au sud de Colombo connue pour sa longue plage, que le problème est peut-être le plus grave.
Mahesh Jayaweera, expert des questions environnementales, affirme que les eaux de cette localité sont désormais si polluées qu'on ne devrait plus s'y baigner.
- 'Pire qu'une fosse d'aisance' -
"Vous ne vous en rendrez pas compte en regardant l'eau. Mais à certaines périodes de l'année, l'eau de Mount Lavinia est tellement souillée que c'est pire que de se baigner dans une fosse d'aisance", décrit cet enseignant à l'Université de Moratuwa, à quelques kilomètres plus au sud.
Selon lui, les niveaux de contamination fécale sont 60 fois supérieurs aux normes de sécurité.
La plupart des touristes étrangers ignorent cette situation. Mais les Srilankais en sont de plus en plus conscients.
"On vient ici juste pour jouer", indique ainsi Harsha Swadesh, 26 ans, venu sur la plage pour un match de volley avec ses amis. "La mer est agitée et pas très propre".
Unawatuna, au sud de la ville portuaire historique de Galle (sud), se présente comme un havre de la plongée aux plages immaculées.
Mais les chercheurs disent que la zone figure aussi parmi les plus polluées, du fait des rejets - souvent nocturnes - d'eaux usées pas du tout traitées par les hôtels.
"Il arrive que les courants ramènent tout sur la plage le matin. C'est horrible", reconnaît sous couvert de l'anonymat un employé de l'industrie du tourisme.
Après 37 ans de guerre civile, le tourisme connaît depuis sept ans une hausse fulgurante.
- 2,5 millions de touristes en 2016 ? -
"Cette année, nous espérons 2,2 millions de touristes, mais il se pourrait que nous en accueillions 2,5 millions", annonce à l'AFP le ministre srilankais du Tourisme, John Amaratunga, qui n'ignore rien du problème environnemental et sanitaire.
"Avant, j'allais me baigner à Wellawatte", confie-t-il en citant un quartier de Colombo. "J'ai arrêté quand j'ai vu qu'un canal déversait les eaux usées dans la mer".
Le gouvernement, assure-t-il, tente de régler le problème en obligeant le secteur touristique à réparer ses erreurs.
Les autorités ont commencé à recenser les hôtels pour s'assurer qu'ils se débarrassent de leurs déchets d'une façon respectueuse de l'environnement.
Les plages des anciennes zones de conflit, pas aussi touchées par le tourisme de masse, sont plus propres.
Mais là-bas aussi, assure M. Jayaweera, la situation se détériore, notamment sur la plage de Nilaveli, au nord de Trincomalee (est), souvent décrite par les guides touristiques comme "la plus parfaite" des plages srilankaises.
Pour Srilal Miththapala, spécialiste du développement touristique et de l'environnement, il est urgent que le Sri Lanka modifie ses pratiques si l'île souhaite garder un secteur touristique.
"Il y a quelques années, nous avons essayé de réorienter l'activité vers l'écotourisme. Mais la vaste majorité des touristes continue de venir pour nos plages", a-t-il dit à l'AFP.
"Elles sont notre atout maître. Il est donc absolument nécessaire de les nettoyer et de les protéger".
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