L'enfant a "admis la matérialité des faits" devant le magistrat, a indiqué à l'AFP une source proche du dossier.
Après avoir fait l'objet d'une retenue judiciaire à la Brigade de Protection des familles à Lyon à la suite du drame, il a été placé en famille d'accueil après sa mise en examen.
En France, les mineurs entre 10 et 13 ans sont pénalement responsables mais ils ne peuvent faire l'objet que de mesures éducatives et de sanctions éducatives.
Les mises en examen pour assassinat d'enfants aussi jeunes restent exceptionnelles en France.
Le drame s'est passé mercredi matin devant l'entrée de l'école primaire Anatole France, dans le quartier sensible des Minguettes, où les deux enfants étaient scolarisés.
Sous les yeux de plusieurs autres écoliers, le plus jeune a donné deux coups de couteau dans le ventre d'un camarade de classe, âgé de 12 ans, qui aurait tenté, selon une source policière, de le racketter.
"Le premier coup n'a pas percé le blouson tandis que le second s'est enfoncé jusqu'à la garde", a précisé cette source.
Grièvement blessé, la jeune victime a été transportée dans l'enceinte de l'établissement, où elle avait été immédiatement prise en charge par une équipe du Samu et les pompiers, avant d'être transférée entre la vie et la mort à l’hôpital Femme-Mère-Enfant de Bron (Métropole de Lyon).
Elle a depuis été prononcée hors de danger.
- Une procédure exceptionnelle -
L'auteur des coups de couteau était, lui, rapidement interpellé sur les lieux de l'agression avant d'être placé en retenue judiciaire à la Brigade de Protection des familles à Lyon, et non en garde à vue.
Cette procédure exceptionnelle, réservée aux moins de 13 ans, peut durer douze heures, prolongeable une fois. Elle est réservée à un crime ou à un délit puni d’au moins 5 ans d'emprisonnement.
"Ces deux élèves n'étaient pas spécialement connus pour des faits de violences ou de racket. Ils ont réglé les choses entre eux et la seule réponse a été la violence. Ca veut dire que la collectivité a échoué et cela me met en colère", avait déclaré à l'AFP la maire communiste de Vénissieux, Michèle Picard, qui a interpellé la ministre de l'Education nationale Najat Vallaud-Belkacem dans une lettre pour réclamer des mesures collectives de prévention.
"Je me permets de vous alerter sur cette montée de la violence qui nécessite une réponse des institutions. Il est urgent que l'Education nationale mette en place des outils de prévention pour permettre aux enfants d'alerter, de se confier, de se sentir en sécurité entourés de référents responsables", a-t-elle notamment écrit dans son courrier dont l'AFP a obtenu copie.
Immédiatement ouverte jusqu'à la fin des cours mercredi, une cellule psychologique a été maintenue jeudi, selon le rectorat.
Le groupe scolaire Anatole France accueille 247 élèves de la maternelle au CM2.
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