Le Loir-et-Cher, la Seine-et-Marne ainsi que la Meuse, la Meurthe-et-Moselle et la Moselle restaient placés en vigilance orange "inondations".
Les fortes pluies, qui ont provoqué d'importants dégâts ainsi que de nombreuses évacuations sur un grand quart nord-est du pays, se sont atténuées en cours de nuit en se décalant vers le sud en direction du Limousin et de l'Auvergne, selon Météo France.
Ces inondations n'ont fait ni blessés ni morts.
Sur l'autoroute A-10, fermée depuis le péage de St-Arnoult-en-Yvelines en direction d'Orléans, 650 automobilistes se sont retrouvés bloqués, selon les autorités. Environ 200 ont été transportés en camion militaire à Orléans où la municipalité a installé un centre d'accueil dans le palais des sports.
C'est dans le Loiret, où il est tombé en 72 heures l'équivalent de 20 jours de précipitations, que se sont concentrées les plus grosses difficultés. La préfecture a annoncé la suspension totale des cours et activité péri-scolaires mercredi dans tous les établissements.
Trois établissements pour personnes âgées ont également dû être évacués et près des deux tiers des communes du département sont touchées par les crues, selon les pompiers.
Les quelque 300 pompiers mobilisés ont procédé à plus de 2.000 interventions depuis le début des intempéries.
- Détenus évacués -
Tout au long du cours du Loing, plusieurs localités étaient touchées par la crue proche de celle exceptionnelle de 1910, comme à Montargis, agglomération de 60.000 habitants du nord-est du Loiret qui s'est retrouvée les pieds dans l'eau. Les 59 patients de la clinique ont dû être évacués.
Autre point noir: Orléans et sa périphérie. Les accès à la zone industrielle de Saran ont été totalement coupés avec de nombreux poids-lourds empêchés de rejoindre leur destination, stationnés le long de la chaussée.
A la centrale pénitentiaire de Saran, quelque 300 détenus ont été évacués, a-t-on appris de sources pénitentiaires.
Côté SNCF, la circulation des trains était très difficile dans "le triangle Orléans-Tours-Vierzon", a indiqué la société ferroviaire, soulignant que "malgré de nombreux incidents, type coulées de boues, inondations, chutes de branches ou affaissement de talus, il n'y a pas d'interruption de trafic".
Des suppressions et des retards ont toutefois été constatés. Les intempéries affectent aussi les lignes TER Paris-Chartres et Paris-Orléans, selon la SNCF.
Dans l'Yonne, une cinquantaine de routes sont barrées, 43 sont inondées, un collège à Villeneuve-sur-Yonne est "sinistré" et les 650 élèves seront dispersés sur quatre autres collèges.
- Le train des frontaliers touché -
Dans la Meuse, 30 maisons ont été touchées par le débordement de l'Orne, rivière du nord du département mise dans la soirée en vigilance orange, selon la préfecture.
En Moselle, la circulation des trains entre Thionville et le Luxembourg, interrompue depuis lundi, à cause d'un incident à un poste d'aiguillage provoqué par la pluie, devrait rester perturbée plusieurs jours. Cette ligne est fréquentée chaque jour par 8.000 à 10.000 personnes, des travailleurs frontaliers notamment.
En Ile-de-France, le RER D, ainsi que la ligne R du Transilien entre Paris, Melun et Monterau étaient touchées, avec des retards et/ou des suppressions de trains.
En Seine-et-Marne, les cours ont été suspendus dans des établissements d'une cinquantaine de communes. Plusieurs centaines de pavillons ont été évacués mardi et des dizaines d'axes routiers coupés. En Essonne, un collège de 530 élèves a été évacué à Gif-sur-Yvette.
A Paris, la Seine est montée à 3 m 82 à 17H00 et elle devrait atteindre 4 m 30, ce qui entraine la fermeture d'une partie des voies sur berges. Dans les départements franciliens, 2.344 interventions ont été réalisées, et 1.234 pompiers étaient mobilisées.
"Solidarité avec nos compatriotes qui subissent les inondations. Les services publics sont mobilisés pour apporter assistance et secours", a tweeté le Premier ministre Manuel Valls dans la nuit de mardi à mercredi.
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