Les deux hommes, Muwafaka Alabash et Asem Alfrhad, sont accusés de "trafic d'immigrants" et de "négligences délibérées ayant entraîné la mort de cinq d'entre eux, dont le petit Aylan, alors âgé de trois ans, a précisé l'agence de presse Dogan.
Tous deux risquent une peine de trente-cinq ans d'emprisonnement.
Le père de la petite victime est poursuivi devant le même tribunal de Bodrum (sud-ouest) pour avoir "utilisé" le bateau qui a coulé, sans autre précision, selon Dogan. Abdullah Kurdi n'était pas présent à l'audience, a ajouté l'agence.
Le 2 septembre dernier, une embarcation surchargée de réfugiés syriens avait chaviré au large de la station balnéaire huppée turque de Bodrum alors qu'elle tentait de rallier l'île grecque de Kos. Douze d'entre eux avaient trouvé la mort.
Les images du corps sans vie du petit Aylan, retrouvé quelques heures plus tard gisant sur une plage, ont fait le tour du monde et suscité une vague d'indignation planétaire qui a contraint l'Union européenne à entrouvrir ses portes aux migrants, pour la plupart des réfugiés venus de Syrie et d'Irak en guerre.
Ankara et Bruxelles ont signé fin novembre un "plan d'action" qui prévoit une aide européenne de 3 milliards d'euros aux autorités turques en échange de leur engagement à mieux contrôler leurs frontières et à lutter contre les passeurs.
Les pays européens ont validé le financement de cette enveloppe financière mais cet accord n'a pas réussi à enrayer de façon significative les départs de migrants vers la Grèce.
La Turquie, qui accueille officiellement quelque 2,7 millions de Syriens et 300.000 Irakiens qui ont fui leur pays en guerre, est devenue l'un des principaux points de départ des migrants qui veulent s'installer en Europe.
Plus de 850.000 ont réussi à traverser la mer Egée en 2015 pour entrer en Grèce.
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