Neuf personnes sont mortes et deux autres sont portées disparues, a indiqué la police bavaroise à la mi-journée. Elle a revu le bilan des blessés à la baisse, faisant état désormais de 18 blessés graves et 90 légers, contre un total de 150 précédemment.
Une enquête est en cours pour déterminer ce qui a pu provoquer la collision entre ces deux trains régionaux Meridian près de la ville thermale de Bad Aibling.
Les pistes du "problème technique ou (d'une erreur) humaine" sont à l'étude, a indiqué sur la chaîne allemande n-tv le ministre des Transports, Alexander Dobrindt, évoquant sur les lieux du drame "une catastrophe horrible".
Selon un porte-parole de la police, Rainer Scharf, l'accident a eu lieu "à basse vitesse" sur une voie unique, si bien que le choc a été frontal. L'état de santé des conducteurs n'a pas été immédiatement communiqué.
Meridian est une marque de la compagnie ferroviaire bavaroise BOB, elle-même filiale du français Transdev, qui appartient au groupe français Veolia. Ses trains circulent sur le réseau régional bavarois.
Le transport ferroviaire allemand a été libéralisé à la fin des années 1990, et BOB est l'un des opérateurs concurrents de l'ex-monopole Deustche Bahn. Celui-ci est toujours propriétaire du réseau ferré.
- 'Situation difficile' -
Les secours - police, pompiers et secours d'urgence - étaient présents en masse sur le terrain, selon un journaliste de l'AFP. L'accident est survenu dans un bois à hauteur de Bad Aibling, à environ 60 km au sud-est de Munich, capitale de la Bavière.
Le site, proche d'une petite rivière, étant difficile d'accès à pied, les hélicoptères ont fait des allers-retours toute la matinée pour hélitreuiller les blessés, selon un journaliste de l'AFP.
Un responsable des secours, Jörg Becker, a indiqué que la "situation était difficile" mais que le déploiement des équipes s'était bien passé.
Les sauveteurs ont dû découper l'avant des deux trains à la scie à métaux pour accéder à l'intérieur et voir si d'autres victimes s'y trouvaient. Des débris en métal, jaune, bleus et argentés - les couleurs du train - jonchaient le sol.
Une conférence de presse, prévue à Bad Aibling vers 12H00 (11H00 GMT), a été retardée.
Le choc s'est produit vers 07H00 (06H00 GMT) sur la ligne entre Rosenheim et Holzkirchen, a précisé Meridian.
- 'Sauver des blessés' -
Rainer Scharf, de la police de Bavière, a évoqué un "très grave accident". "Il faut sauver plusieurs blessés", a-t-il ajouté.
Dans un communiqué, la compagnie ferroviaire publique allemande Deutsche Bahn a indiqué que la ligne dans le secteur de la collision était conçue pour que les trains puissent rouler jusqu'à 120 km/h.
Le trafic sur la ligne entre Rosenheim et Holzkirchen a été coupé, ainsi que deux routes locales, selon Meridian.
"L'accident est un choc énorme pour nous. Nous mettons tout en ?uvre pour aider les voyageurs, les proches et les salariés", a indiqué le patron de la compagnie BOB, Bernd Rosenbusch.
Le Premier ministre français Manuel Valls a pour sa part réagi sur Twitter : "Émotion après l'accident ferroviaire en Bavière. Solidarité de la France avec les blessés, les proches des victimes et nos amis allemands".
Plusieurs accidents ferroviaires sont survenus ces dernières années en Allemagne.
Les derniers accidents mortels, en novembre et mai 2015, ont fait chaucun deux morts, à la suite de collisions entre des trains et des véhicules. En janvier 2011, dix personnes avaient perdu la vie dans la collision entre deux trains à Hordorf (est).
Un accident beaucoup plus grave avait eu lieu en 1998 : un InterCity Express (ICE), un train à grande vitesse reliant Munich (sud) à Hambourg (nord), avait déraillé, faisant 101 morts et 88 blessés à Eschede (nord). C'est la catastrophe la plus meurtrière en Allemagne depuis 1945 (102 morts près de Munich).
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