Selon le parquet de Cherbourg, 41 personnes ont été placées en garde à vue après l'évacuation, qui s'est déroulée sans incident selon les gendarmes.
Un peloton de gendarmerie de haute montagne est intervenu pour faire descendre certains militants montés sur des grues du chantier, selon la même source.
"Ce qui est important, c'est de contribuer au débat sur le nucléaire, mettre la pression pour imposer un débat", a expliqué en fin d'après-midi à l'AFP Yannick Rousselet, chargé de campagne nucléaire chez Greenpeace France.
"Cette action est une pierre à un édifice qui en appelle d'autres", a-t-il poursuivi.
Lundi, dès 03h30, des militants de l'association écologiste avaient bloqué les accès au chantier de l'EPR, tandis que d'autres montaient sur trois grues du chantier, pour réclamer un moratoire sur le nucléaire.
En fin de matinée, les militants bloquant les accès avaient été délogés mais le chantier était resté bloqué par une vingtaine de militants grimpés sur des grues.
Parmi les militants présents, figuraient des Français, des Belges, des Finlandais et des Canadiens, selon M. Rousselet.
Les militants ont pénétré sur le site du chantier de l'EPR, mais pas sur celui de la centrale nucléaire de Flamanville, a précisé de son côté EDF.
Dans un communiqué, le ministre de l'Industrie Eric Besson a déclaré que "l'intrusion" de Greenpeace n'avait "en rien menacé la sécurité sur le chantier EPR", ajoutant que "les manifestants ont immédiatement été repérés par les équipes de sécurité d'EDF alors qu'ils franchissaient les clôtures de protection".
L'action était organisée le jour même d'un rendez-vous à l'Elysée entre Nicolas Sarkozy et les principales ONG de défense de l'environnement, dont Greenpeace.
Le chantier de l'EPR de Flamanville, l'un des deux chantiers EPR les plus avancés dans le monde (l'autre se situant en Finlande), emploie quelque 3.400 personnes.
EDF, le maître d'oeuvre, a annoncé en juillet 2010 qu'il repoussait de deux ans, à 2014, la mise en service de ce réacteur que la France veut exporter, et avait relevé son coût à 5 milliards d'euros contre 3,3 milliards initialement.
L'EPR est régulièrement la cible des associations écologistes comme le 23 avril, où de 580 à 800 personnes s'étaient rassemblées devant le site pour réclamer la sortie du nucléaire.
Fin mars, André-Claude Lacoste, président de l'Autorité de sûreté nucléaire (ASN), avait évoqué devant le Parlement la possibilité d'un moratoire sur la construction de l'EPR.
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